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云序全國首發重磅新服務eccDNA甲基化測序

瀏覽次數:6880 發布日期:2021-6-2  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處
近年來,eccDNA(染色體外環狀DNA)連登《Nature》《Cell》等期刊,徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統認知,成為了具有潛力的科研新熱點。

近期,NIPT之父盧煜明教授基于轉座酶和m5C位點酶學轉化方法開發出了eccDNA甲基化測序技術,并揭示了孕婦血漿中的胎兒eccDNA甲基化狀況,為eccDNA的深入研究及新型分子標志物的開發提供了新的技術手段。

作為國內提供eccDNA測序服務的公司,云序生物一直是eccDNA領域的領跑者。通過嚴謹的技術開發和質控,云序正式全國首發eccDNA甲基化測序服務!

A.技術優勢
1.一箭雙雕:同時檢測eccDNA及其甲基化狀況,節約樣品,性價比高
2.單堿基分辨的eccDNA甲基化分析

B.eccDNA甲基化測序流程
1.EccDNA富集:通過核酸外切酶 V 消化等手段,去除樣品中的線性DNA,從而達到富集eccDNA的目的。
2.加接頭:通過轉座酶打開eccDNA的環形結構,并在DNA片段的兩端加上接頭。
3.末端修復:通過Klenow酶修復轉座產物的末端缺口。
4.C-U轉化:通過溫和的酶轉化法,將未甲基化的胞嘧啶(C)高效地轉化為尿嘧啶(U)。
5.PCR擴增:對轉化后產物進行PCR擴增及純化。
6.上機測序:純化后文庫質檢合格后進行上機測序。
 
圖1. 血漿eccDNA甲基化測序流程
圖1. 血漿eccDNA甲基化測序流程

C.eccDNA甲基化測序質控(云序實例)
實驗項目:血漿eccDNA甲基化測序

1.血漿cfDNA Qubit定量
通過Qubit熒光定量儀檢測摻入樣品DNA的特異熒光染料信號,從而對樣品進行精確定量。
 
1. 血漿cfDNA Qubit定量

2.文庫2100質控

通過Agilent生物分析儀對測序文庫進行質控。
 
2. 文庫2100質控
 

3.FastQC質控

通過FastQC軟件進行測序數據質控。

3. FastQC質控

 

4.Read統計及轉化率
對測序堿基質量(Q30),Read及C-U轉化率進行統計。
 
4. Read統計及轉化率
  

D.eccDNA甲基化測序數據展示

1.eccDNA的識別及甲基化水平
通過軟件識別eccDNA的染色體坐標,長度及表達量
 
1. eccDNA的識別及甲基化水平

ecc_chr: eccDNA的染色體
ecc_start: eccDNA的起始位點
ecc_end: eccDNA的終止位點
ecc_location: eccDNA的染色體坐標
ecc_length: eccDNA的長度
T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA對應的原始split reads數目
Meth_Level_T1,T2: 不同樣品中某個eccDNA的甲基化水平

2.eccDNA的基因注釋
對eccDNA所在位置的蛋白編碼基因的位置,基因名,基因ID等信息進行注釋
 
2. eccDNA的基因注釋
chr, start, end: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的基因組位置信息
gene_id: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的gene ID
gene_name: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因的基因名
strand: eccDNA所在區域的蛋白編碼基因所處的正負鏈信息
overlap: eccDNA與蛋白編碼基因的重疊區域

3.eccDNA長度分布圖
eccDNA的長度分布圖表明:eccDNA在兩個區域富集,一是~200bp的區域,另一個是300-450bp的區域。
3. eccDNA長度分布圖
 
4.eccDNA甲基化水平統計
不同功能區域的eccDNA的甲基化水平統計
 
4. eccDNA甲基化水平統計

E.eccDNA甲基化測序樣品要求
cfDNA: > 50 ng
血漿:> 5 mL
細胞:> 2 x 107
組織:> 100 mg
其他樣品類型咨詢021-64878766當地銷售

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相關公司:上海云序生物科技有限公司
聯系電話:021-64878766
E-mail:liuqingqing@cloud-seq.com.cn


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