羅氏即將推出靶向RNA-Seq產(chǎn)品還原不同豐度RNA表達(dá)

瀏覽次數(shù)：4111　發(fā)布日期：2014-9-23　來(lái)源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

別讓你的reads再做布朗運(yùn)動(dòng)了

—羅氏RNA序列捕獲還原真實(shí)不同豐度RNA表達(dá)！

近年來(lái)，遺傳變異通過(guò)表達(dá)水平的改變從而影響癌癥、糖尿病、心臟病等復(fù)雜疾病的發(fā)病日益受到研究者的重視。與之相關(guān)的全轉(zhuǎn)錄組分析也越來(lái)越成為研究熱點(diǎn)。

常規(guī)的RNA測(cè)序（RNA-seq）能檢測(cè)基因的表達(dá)豐度，檢測(cè)未注釋的基因，以及由于剪切而形成的復(fù)雜的基因亞型。然而由于轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)豐度寬泛的動(dòng)態(tài)范圍，小部分高表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本占據(jù)了細(xì)胞里大部分的RNA分子，因此在RNA測(cè)序的結(jié)果里，微量表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本reads覆蓋度往往不夠，這使得后續(xù)的數(shù)據(jù)分析想要準(zhǔn)確的拼接這些轉(zhuǎn)錄本或是對(duì)其定量簡(jiǎn)直難上加難。

圖1：傳統(tǒng)RNA-Seq面臨的挑戰(zhàn)：少部分高表達(dá)的基因占據(jù)了測(cè)序數(shù)據(jù)中的絕大多數(shù)reads，而感興趣的目的基因如果屬于低表達(dá)基因，其reads量則在測(cè)序數(shù)據(jù)里所占的比例少得可憐。

近日，由FDA牽頭的旨在評(píng)估RNA-seq準(zhǔn)確性、可重復(fù)性及信息量的測(cè)序質(zhì)量控制項(xiàng)目（SEQC/MAQC-III）初步結(jié)果發(fā)表，為評(píng)估RNA-seq數(shù)據(jù)分析提供了寶貴的資源，同時(shí)也讓人們看到了RNA-seq的短板：對(duì)于低表達(dá)量的基因，測(cè)序結(jié)果可重復(fù)性低，想要測(cè)到這些基因，只能增大測(cè)序深度；原本被人們認(rèn)為是RNA-seq檢測(cè)優(yōu)勢(shì)的可變剪切的檢測(cè)，由于覆蓋junction的Reads太少而變得不靠譜；對(duì)于新剪切位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)，評(píng)估結(jié)果顯示測(cè)得越多，發(fā)現(xiàn)的越多，測(cè)到1.2Tb reads時(shí)仍舊沒(méi)有盡頭……¹

對(duì)于SEQC項(xiàng)目暴露出的RNA-Seq的局限我們并非束手無(wú)策，利用靶向RNA-seq能完美的解決以上困擾。對(duì)感興趣的目的基因相關(guān)RNA進(jìn)行靶向捕獲后再測(cè)序，能夠極大的增加測(cè)序覆蓋度，由此大大提高基因檢測(cè)的靈敏度、定量能力以及對(duì)于微量表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本的拼接能力。

加爾文研究所（Garvan Institute）的Tim Mercer以及John Mattick近期在Nature Protocol上發(fā)表文章，詳細(xì)闡釋了利用羅氏NimbleGen SeqCap EZ Choice 探針捕獲cDNA后測(cè)序的方法。他們認(rèn)為：與全轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq相比，RNA CaptureSeq是一個(gè)更加高效的對(duì)基因表達(dá)進(jìn)行定性定量研究的方法。CaptureSeq的方法除了能準(zhǔn)確保留除高表達(dá)的基因外的其他基因在原來(lái)RNA樣本中的相對(duì)表達(dá)豐度，在樣本制備的過(guò)程中還可以引入混樣（multiplex）的操作方法來(lái)提高捕獲效率，由此試劑成本也大大降低²。

圖2. SeqCap RNA 靶向捕獲流程，無(wú)需專門去除rRNA或進(jìn)行poly A富集

羅氏即將推出的靶向RNA-Seq產(chǎn)品正是基于與加爾文研究所的合作。SeqCap RNA 序列捕獲系列產(chǎn)品包括針對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的 lncRNA Enrichment Kit，針對(duì)小于7Mb或是長(zhǎng)達(dá)100Mb的任何用戶感興趣的人類RNA區(qū)域的捕獲產(chǎn)品，以及用戶定制的針對(duì)長(zhǎng)達(dá)200Mb非人類RNA目標(biāo)捕獲產(chǎn)品。同時(shí)推出的還有一系列與之配套的樣品制備試劑與完善的實(shí)驗(yàn)流程。屆時(shí)，研究者還可以通過(guò)升級(jí)后的在線探針設(shè)計(jì)軟件NimbleDesign快速地自行設(shè)計(jì)屬于自己獨(dú)一無(wú)二的序列捕獲探針。

羅氏NimbleGen的SeqCap RNA序列捕獲產(chǎn)品將帶來(lái)更快的實(shí)驗(yàn)流程，更真實(shí)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，完美地解決常規(guī)的RNA-Seq可能導(dǎo)致的由于目的基因reads數(shù)過(guò)少而引發(fā)的一系列后續(xù)數(shù)據(jù)分析問(wèn)題。新產(chǎn)品上市在即，敬請(qǐng)期待！

1. SEQC/MAQC-III Consortium. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium[J]. Nature Biotechnology, 2014.

2. Mercer T R, Clark M B, Crawford J, et al. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq[J]. Nature protocols, 2014, 9(5): 989-1009.

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