羅氏全新NimbleDesign閃亮登場 玩轉探針設計So Easy
NimbleDesign 是羅氏NimbleGen推出多年的序列捕獲探針免費在線設計軟件。其便捷的操作流程和強大的探針設計能力配合NimbleGen SeqCap EZ Choice/ Choice XL產品已幫助眾多研究者完成了針對人類基因組的測序前高品質靶向序列富集。
全新一代NimbleDesign已于6月1日閃亮登場，除了一如既往的便捷高效以外，新一版的設計軟件帶來了更強大的功能。
圖1. NimbleDesign 主頁，注冊時請選擇China區域
√ 更多的物種覆蓋
除了人類基因組外，現在可以對小鼠進行DIY探針設計，專注于模式生物的研究者也可以輕松的運用NimbleDesign隨時自己動手設計捕獲探針。優化的小鼠探針池確保對于小鼠基因組任意區段的高效捕獲。
√ 更便捷的設計流程
設計完成之前無需研究者預先定義Panel規格，讓捕獲產品設計流程變得更加輕而易舉。除了提交目標區域起始坐標之外，研究者可以通過上傳基因名稱或是通過搜索功能在線添加相關基因來完成設計，操作流程更加便捷。
√ 增加針對RNA序列進行探針設計功能
除了針對基因組DNA進行探針設計的應用以外，全新的NimbeDesign還加入了針對RNA序列進行靶向富集的SeqCap RNA探針設計功能。在RNA測序之前引入序列捕獲技術特異性的富集研究相關cDNA可以極大的提高對其檢測靈敏度，定量能力以及對微量表達轉錄本的拼接能力。NimbleDesign針對RNA序列進行探針設計的能力配合NimbleGen的SeqCap RNA系列產品將使研究者在轉錄組層面的研究更加深入全面。
圖2. NimbleDesign 全新的功能選項
除了上述的新增功能之外，全新的NimbleDesign保持了一如既往的高品質探針設計能力，針對每次捕獲可設計多達210萬種探針。高密度疊瓦式排布的探針確保目標區域中的包括片段插入缺失等各種類型突變的一網打盡。NimbleDesign使用獨特的Repeat Mask算法，可針對目標區域的更多序列直接進行探針設計，以確保其高覆蓋率與覆蓋均一性。
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| 圖3. NimbleDesign 的自有算法可以更好的針對目標區域進行探針設計，如上圖中對11號染色體上一個500 kb區域的探針設計，黑色區域顯示出兩種不同算法所能覆蓋到的區域，紅色區域顯示只有NimbleDesign 的設計能夠覆蓋的區域，從圖中可以看出，NimbleDesign的設計算法遙遙領先于其他軟件。 |
現在您只需花一分鐘時間注冊賬戶，即可開啟玩轉基因組靶向富集之旅。您可以全天候零距離的利用NimbleDesign根據研究需要，在人類和小鼠基因組，轉錄組的任意目標區域靈活的設計探針。NimbleDesign高精度，高覆蓋率的探針設計，將讓您的靶向測序變得輕而易舉！
更多信息請訪問NimbleDesign網站https://design.nimblegen.com。
本文所有圖表，數據均來自于羅氏NimbleGen總部；NIMBLEGEN SEQCAP為羅氏注冊商標；僅用于生命科學研究，不用于診斷。
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