一般我們把基因分成兩類：

• 編碼蛋白的基因
• 不編碼蛋白的基因

這兩類基因的敲除方式有著很大的區別

編碼蛋白的基因

這些基因的功能主要是通過編碼區中的三聯體密碼所編碼的蛋白來實現的。基因敲除的最終目的是讓這個基因的蛋白產物不能發揮功能，或者蛋白不能表達。

• 整個編碼區統統刪掉

所有的密碼都沒了，當然就不能翻譯出蛋白啦！對于目的基因的敲除來說，這當然是最徹底的一種方法，不過大多數情況下，這個方案很難實現。原因有下面幾個：

1）編碼區跨度大。雖然CRISPR技術能夠大片段地剪掉DNA序列，實現大跨度的全身性基因敲除；但對于條件性基因敲除來說，如果兩個loxP位點之間距離過大，仍會導致不僅構建模型的難度大、重組率低下，而且可能影響flox小鼠的最終使用效果，即Cre-loxP的重組效率。

2）可能有其它基因存在于內含子中，這樣的敲除相當于敲除了兩個甚至多個基因，最終小鼠的表型就會是多個基因共同缺失的結果了。

• 僅僅刪掉“一小部分”

1）刪掉一個或幾個外顯子，被刪掉的外顯子長度不是3的整數倍。這樣的話，三聯體密碼就會發生錯位，導致移碼突變或提前終止。可能會使蛋白不能被翻譯出來，也可能會產生一個突變的蛋白產物。這也是最為常見的基因敲除策略。通常，刪掉的外顯子越靠前，對功能蛋白的破壞就越徹底。所以，盡量要選擇靠前的外顯子作為基因的敲除區域。

2）刪掉編碼功能結構域的部分。這樣，即使沒能發生移碼，最終翻譯出來的也會是缺失功能域的一個次品，也可以達到使蛋白功能缺失的目的。

3）刪掉啟動子。如果1和2都不能作為敲除區域的話，可以考慮敲除啟動子區域使基因失活。

所以，基因敲除并不是非要把整個基因都刪掉，大多數情況我們只需要敲掉基因的一小部分，讓這個基因不能編碼正常的功能蛋白，也就達到了基因敲除的目的。

不編碼蛋白的基因

對于要敲除像lncRNA、microRNA這些不編碼蛋白的基因，最徹底的方法還是整個lncRNA區段或大部分片段序列的刪除。

但是，很多lncRNA可能是與某個蛋白編碼基因反向重疊或部分反向重疊的，這時候敲掉整個lncRNA序列就不合適了，可以考慮以下幾種方式：

1）刪除一小部分功能區域，前提是已知這部分可能是特定的功能區。

2）刪除啟動子區域，如果lncRNA啟動子區域不跟其它基因重疊。

3）通過CRISPR技術插入RNA不穩定信號（比如polyA信號、miRNA結合位點、RNase P識別位點、自剪切酶等）的方式，來進行lncRNA的敲低。

所以，針對這些不編碼蛋白的基因，考慮本身結構的特殊性，需要我們面對不同基因時選擇不同的敲除方式。