非靶向蛋白質組學
 

1. iTRAQ/TMT 標記定量蛋白質組學

iTRAQ 和 TMT 技術采用多種同位素標記，可與氨基反應實現連接，實現多個樣本蛋白組的定性與定量。
 

技術流程：

寄樣要求：

動物及臨床組織標本 100 mg/sample

血清、血漿 200 µL/sample

細胞、微生物 1ｘ107 cells/sample

植物嫩葉、嫩芽 500 mg/sample

植物種子、果實 100 mg/sample

液氮或者 -80℃ 保存

足量干冰運輸，避免反復凍融

 

試劑盒種類：

技術優點：

適用范圍廣、高通量、結果可靠

靈敏度高

分離能力強

自動化程度高

 

2. Label Free 非標記定量蛋白質組學

Label Free 技術不依賴同位素標記，可通過液質聯用對蛋白質酶解肽段進行分析，分析大規模鑒定蛋白質時所產生的質譜數據，對被檢測到的離子峰強度進行積分，以積分面積進行相對定量。

 

技術流程：

技術優點：

無需標記，最da程度的保留樣本的真實性

可以區分“有”、“無”蛋白

不受標簽數量的限制，多個樣本可以同時進行蛋白定量分析

不同物種和不同的樣本類型可以同時開展蛋白定量分析

處理步驟簡單，成本低

 

技術缺點：

低通量

定量準確度有限

對質譜的穩定性和重現性有很高的要求

 

3. DIA 定量蛋白質組學

數據非依賴性采集(DIA)是一種顯著提升蛋白質組學研究通量和可重復性的技術。

 

經典的 DIA 流程通常依賴于 DDA 譜圖庫的構建，需要消耗大量的樣品，且周期長，成本高。

 

越來越多的不依賴于 DDA 建庫的分析方法相繼誕生，例如 DIA-Umpire、PECAN 和 encyclope DIA 等。encyclope DIA 系列技術采用氣態在線分離（GPF）。

 

GPF-DIA 技術流程：

常規 DIA 流程：

技術優點：

采集所有離子及碎片圖譜，重現性好

基于碎片離子定量，選擇性好，可媲美 SPM/MRM

循環時間固定，掃描點數均勻，定量準確度高

高通量，能同時監測所有目標蛋白

 

4. 定性鑒定蛋白質組學

利用液相色譜質譜聯用技術（LC-MS/MS）結合數據庫檢索的方法，對樣本中的混合蛋白進行定性鑒定分析。

 

技術流程：

寄樣要求：

• 膠條樣本

考馬斯亮藍染色 SDS-PAGE 凝膠，條帶清晰可見

條帶切取操作過程中佩戴手套，防止角蛋白污染

條帶置于 EP 管中，-20℃ 保存，冰袋運輸

 

• 蛋白溶液

需要提供緩沖液體系以及蛋白濃度數據

蛋白溶液樣本中不要加入 loading buffer

液氮或 -80℃ 保存

足量干冰運輸，避免反復凍融

 

5. 多肽組學

多肽組學是以機體內源性多肽和低分子量蛋白質為研究對象，研究多肽組的結構、功能、變化規律及其相關關系。

 

技術流程：

技術優點：

高效

高通量

高特異性

破壞度小

高靈敏度

靶向蛋白質組學
（PRM 靶向定量蛋白組）

平行反應監測（PRM）是一種靶向檢測方法，能夠對目標蛋白、目標肽段進行選擇性檢測，從而實現對目標蛋白/肽段進行相對（絕對）定量。

技術流程：

技術優點：

不依賴抗體

特異性

結果準確、可靠

高通量

 

修飾蛋白質組學

利用 LC-MS/MS 結合數據庫檢索的方法，在搜庫時設置修飾搜庫參數，實現對目標所有已知的修飾位點磷酸化、乙酰化、糖基化和泛素化進行鑒定。

技術流程：

 

蛋白代謝互作組

代謝物-蛋白質相互作用控制著多種細胞過程，從而在維持細胞穩態中發揮重要作用。MetPro 技術是一種化學蛋白質組學方法，將蛋白質水解（Lip）和質譜（MS）結合起來。用于進行代謝物-蛋白質相互作用的研究，篩選與代謝物具有相互作用的蛋白質。

技術流程：

 

蛋白組生信分析

1. 基礎分析

數據預處理

差異表達蛋白篩選

 

2. 常規數據分析

主成分分析


火山圖分析


層次聚類分析
 

3.功能分析
 

COG 注釋分析


亞細胞定位分析


GO 注釋富集分析


KEGG 注釋富集分析


PPI 網絡構建分析
 

4.修飾蛋白特有分析
 

Motif 分析


激酶（kinase）預測分析