隨著測序技術的飛速發展，眾多測序手段現已走進實驗室，成為科學家的科研利器，第二代DNA測序技術又稱下一代測序技術(Next-generation sequencing，NGS)是目前應用廣泛的測序手段之一，下面我們通過一些普遍的問題來慢慢了解它。

Q：什么樣本可以做NGS測序分析？
A:NGS實驗不挑樣本，動物、植物、微生物等具有遺傳信息的物種都可以進行NGS測序實驗分析，但是需要老師根據自己的實驗設計和需求來選擇測序樣本類型和檢測項目。

Q：我們進行分析時使用的參考基因組是怎么來的？
A:通過Denovo測序(也就是從頭測序)得到數據，然后拼接得到基因組序列，再通過不斷的完善和功能注釋，給到我們現在使用。

Q：什么是重測序Resequencing？
A:待測物種如果有發表過的參考基因組，重新進行測序就不需要拼接，可以直接對測序reads進行短序列比對。簡而言之就是對基因組序列已知的物種個體進行基因組重新測序，本質就是找變異。所以我們的重測序項目下機數據都是不拼接的。

Q：什么是測序深度，與基因覆蓋度是一回事嗎?
A:測序深度（Sequencing Depth）是指：測序得到的堿基總量（bp）與基因組（轉錄組或測序目標區域大小）的比值，是評價測序量的指標之一。例如：人類全基因組大約3G，測序深度30×的話，即獲得3×30=90G的數據量；覆蓋度（coverage）是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。由于基因組中的高GC、重復序列等復雜結構的存在，測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋所有的區域，這部分未覆蓋的區域就稱為Gap。

Q：重測序要求測序深度，是越多越好嗎?大約多少×合適？
A:測序深度當然是越多越好，但是考慮到芯片大小以及資源浪費的問題，一般推薦10-30×，適用于有參物種，根據分析需求不同，選擇合適的深度測序(SNP/InDel >10×; SV > 20×; CNV > 30×, 轉座子> 20×)，增加測序深度可以提高基因組覆蓋度和變異檢出率。

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