兒童中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的分子圖譜對(duì)于診斷和臨床管理至關(guān)重要，但由于腫瘤的敏感位置，組織通路等限制，很難被診斷性手術(shù)活檢捕捉到。這一次安捷倫助力科學(xué)家們開發(fā)了一個(gè)有針對(duì)性的深度測(cè)序平臺(tái)來檢測(cè)腫瘤驅(qū)動(dòng)突變、拷貝數(shù)變異和異質(zhì)性。文章發(fā)表在Nature 子刊npj Precision Oncology volume 6, Article number: 63 (2022)。

樣本來源：
病人樣本在治療過程中或在尸檢中取得。一共取得10份腦脊液（CSF）樣本，取得8份血漿樣本和2份血清樣本，取得10份腫瘤樣本。

DNA提取：
1、腫瘤基因組DNA提取：采用Gentra Puregene Tissue Kit (QIAGEN)
2、cfDNA提取：從 500 µL-1 mL 腦脊液（CSF） 和 1-2 mL  血清或血漿中進(jìn)行提取，采用了QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN)，貨號(hào)：55114

二代測(cè)序NGS
1、基因組全外顯子測(cè)序
50 ng的基因組DNA利用超聲打斷成150-180bp的片段，先進(jìn)行末端配平，加A，加接頭，PCR擴(kuò)增和磁珠純化構(gòu)建預(yù)文庫(kù)， 然后采用安捷倫全外顯子探針(SureSelect XT Human V6 + COSMIC）進(jìn)行外顯子捕獲。捕獲后的基因組片段再進(jìn)行擴(kuò)增富集之后，通過質(zhì)控后，在進(jìn)行上機(jī)測(cè)序。

2、CfDNA靶向捕獲測(cè)序
采用帶有unique molecular identififiers（UMI）和雙端接頭的ctDNA檢測(cè)panel 進(jìn)行靶向捕獲測(cè)序。

圖 1 對(duì)DMG組織、腦脊液和血漿/血清的致瘤性變化的檢測(cè)

結(jié)論：
① 腫瘤和腦脊液配對(duì)的一致性高于腫瘤和血漿/血清配對(duì)，腦脊液突變檢測(cè)具有高平臺(tái)敏感性和特異性。科學(xué)家的平臺(tái)用于早期檢測(cè)臨床相關(guān)突變的效用，即使是在起始DNA輸入極低的情況下依然能發(fā)揮作用
② ctDNA分析在揭示腫瘤組織基因組異質(zhì)性方面具有潛在的優(yōu)勢(shì)，包括檢測(cè)激活關(guān)鍵的dmg相關(guān)生長(zhǎng)因子信號(hào)通路的亞克隆突變。

在這一次DNA測(cè)序中，安捷倫派出了質(zhì)控大家庭中的Tapestation系列的4200分析儀對(duì)樣本cfDNA以及測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)控，其中cfDNA質(zhì)控使用的是High Sensitivity D5000 assay，這一款assay 需要將安捷倫高靈敏度 D5000 ScreenTape（貨號(hào)：5067-5592） 和高靈敏度 D5000 試劑（貨號(hào)：5067-5592） 搭配一起使用，適用于 100–5000 bp DNA 的高靈敏度分析，一套可檢測(cè)105個(gè)樣本。

除了科學(xué)家質(zhì)控用到的High Sensitivity D5000 assay，安捷倫Tapestation 還有多款針對(duì)不同應(yīng)用以及不同核酸片段大小的試劑盒，為核酸質(zhì)控提供完美解決方案。