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ChIP技術(shù)揭示NURR1在前列腺癌從基因轉(zhuǎn)錄到腫瘤進(jìn)展中的調(diào)控機制

瀏覽次數(shù):208 發(fā)布日期:2025-4-22  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
前列腺癌(prostatecancer,PCa)是一種常見的惡性腫瘤,其進(jìn)展過程中常常伴隨著癌癥干細(xì)胞特性的增強、上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)現(xiàn)象的發(fā)生以及對傳統(tǒng)治療的抵抗。Wnt/β-catenin信號通路在胚胎發(fā)育、干細(xì)胞維持以及癌癥進(jìn)展中發(fā)揮重要作用,其異常激活與多種癌癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。NURR1是一種沒有配體或目前尚未發(fā)現(xiàn)配體的孤兒核受體蛋白,原本在多巴胺能神經(jīng)元發(fā)育中發(fā)揮關(guān)鍵作用,但近年來的研究發(fā)現(xiàn)其在多種癌癥中異常表達(dá),并可能參與癌癥進(jìn)展。然而,NURR1在前列腺癌中的具體作用及其與Wnt/β-catenin信號通路的關(guān)系尚不清楚。

近日,南方醫(yī)科大學(xué)附屬深圳龍華醫(yī)院泌尿外科副研究員王鑄博士和香港中文大學(xué)醫(yī)學(xué)院Franky Leung Chan合作研究了核受體NURR1(NR4A2)在前列腺癌中的作用機制,特別是其如何通過調(diào)控Wnt/β-catenin信號通路影響前列腺癌的干細(xì)胞特性、EMT以及去勢抵抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer, CRPC)的進(jìn)展。研究通過一系列體外和體內(nèi)實驗,結(jié)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA-seq)和表觀遺傳學(xué)技術(shù)(ChIP),揭示了NURR1在前列腺癌中的促癌作用,并提出了其作為潛在治療靶點的可能性。相關(guān)研究成果以《Nuclear receptor NURR1 functions to promote stemness and epithelial-mesenchymal transition in prostate cancer via its targeting of Wnt/β-catenin signaling pathway》為題發(fā)表于《Cell Death & Disease》期刊。深圳易基因為本研究提供測序分析技術(shù)服務(wù)。

 

標(biāo)題:Nuclear receptor NURR1 functions to promote stemness and epithelial-mesenchymal transition in prostate cancer via its targeting of Wnt/β-catenin signaling pathway(核受體 NURR1 通過靶向 Wnt/β-catenin 信號通路促進(jìn)前列腺癌的干性和上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化)
發(fā)表時間:2024-3-24
發(fā)表期刊:Cell Death & Disease
影響因子:IF 8.1/Q1
技術(shù)平臺:RNA-seq、ChIP-qPCR(易基因金牌技術(shù))

 

研究摘要
Wnt/β-catenin信號通路的失調(diào)激活是多種癌癥晚期進(jìn)展中的常見事件。這種信號激活增強了腫瘤的生長,并促進(jìn)了轉(zhuǎn)移和治療抵抗。研究表明,該信號通路在癌癥進(jìn)展過程中對細(xì)胞過程(EMT和癌癥干性)具有雙重調(diào)控作用。Wnt/β-catenin信號通路的異常激活在前列腺癌以及去勢抵抗性前列腺癌(CRPC)中較為常見。然而,前列腺癌中該通路的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子尚未得到充分研究。NURR1(NR4A2)是一種孤兒核受體,在多巴胺能神經(jīng)元的發(fā)育中發(fā)揮重要作用。先前研究表明,NURR1在分離的前列腺癌干細(xì)胞(PCSCs)和CRPC異種移植模型中表現(xiàn)出上調(diào)。本研究進(jìn)一步證實了NURR1在前列腺癌中的上調(diào),并在前列腺癌細(xì)胞系中表現(xiàn)出增強的表達(dá)。功能和分子分析表明,NURR1能夠通過直接轉(zhuǎn)錄激活CTNNB1(β-catenin)并激活β-catenin來介導(dǎo)Wnt/β-catenin信號通路激活,從而促進(jìn)體外(癌癥干性和EMT)和體內(nèi)前列腺癌細(xì)胞的腫瘤生長(轉(zhuǎn)移和去勢抵抗)。此外,本研究還驗證了前列腺癌細(xì)胞中NURR1的活性可以通過小分子進(jìn)行調(diào)控,表明NURR1可能是晚期前列腺癌管理的潛在治療靶點。

 
圖形摘要
 
研究方法
樣本采集:多種前列腺癌細(xì)胞系(包括LNCaP、VCaP、22Rv1、DU 145和PC-3)、永生化前列腺上皮細(xì)胞系(BPH-1)。此外還利用前列腺組織微陣列(包含良性前列腺增生和不同Gleason評分的前列腺癌組織)進(jìn)行免疫組化分析。樣本采集涵蓋從細(xì)胞系到臨床組織。
免疫組化和免疫印跡分析:檢測NURR1在前列腺癌組織和細(xì)胞系中的表達(dá)水平。
RNA測序(RNA-seq):通過對比NURR1過表達(dá)和對照組的前列腺癌細(xì)胞系,分析差異表達(dá)基因,揭示NURR1可能調(diào)控的信號通路。
染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP-qPCR):驗證NURR1是否直接結(jié)合到CTNNB1啟動子區(qū)域,從而調(diào)控其表達(dá)。
報告基因分析和基因編輯技術(shù):通過構(gòu)建含CTNNB1啟動子的熒光素酶報告基因質(zhì)粒,以及CRISPR/Cas9介導(dǎo)的基因敲除,驗證NURR1對CTNNB1的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用。
體外和體內(nèi)功能實驗:包括細(xì)胞增殖、遷移、侵襲實驗以及異種移植瘤模型,評估NURR1對前列腺癌細(xì)胞生物學(xué)行為的影響。
 
結(jié)果圖形
(1)NURR1在前列腺癌組織和前列腺癌細(xì)胞中表達(dá)上調(diào)
通過免疫組化和免疫印跡分析發(fā)現(xiàn),NURR1在前列腺癌組織和細(xì)胞系中的表達(dá)顯著高于正常前列腺組織和細(xì)胞。

 
圖1:NURR1在臨床前列腺癌組織和前列腺癌細(xì)胞系中的表達(dá)上調(diào)。
 
A-B. 通過對兩個臨床前列腺癌組織的微陣列數(shù)據(jù)集進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,結(jié)果顯示NURR1在前列腺癌中表現(xiàn)出上調(diào)的表達(dá)模式。
C-D. 前列腺癌組織微陣列中NURR1的免疫組化分析。
E.   NURR1免疫印跡分析。多種前列腺癌細(xì)胞系的NURR1表達(dá)水平高于永生化前列腺上皮細(xì)胞BPH-1。
 
(2)轉(zhuǎn)錄組分析表明NURR1參與Wnt/β-catenin信號激活
RNA-seq和GSEA分析顯示NURR1過表達(dá)組中Wnt/β-catenin信號通路顯著富集。

 
圖 2:Wnt/β-catenin信號通路參與NURR1過表達(dá)的前列腺癌
 
A. DU 145-NURR1和-Vector感染細(xì)胞的RNA-seq數(shù)據(jù)的基因集富集分析(GSEA)氣泡圖。結(jié)果顯示,與對照組(Vector)相比,NURR1過表達(dá)組(NURR1)中Wnt/β-catenin信號是最顯著富集通路。
B. DU 145-NURR1和-Vector感染細(xì)胞以及NURR1高表達(dá)和低表達(dá)組的GSEA結(jié)果,顯示W(wǎng)nt/β-catenin信號通路的富集情況。
C. 基于NURR1表達(dá)水平將患者分為高表達(dá)和低表達(dá)組,展示TCGA數(shù)據(jù)庫患者的RNA-seq數(shù)據(jù)的GSEA氣泡圖。結(jié)果顯示,與NURR1低表達(dá)組相比,NURR1高表達(dá)組中Wnt/β-catenin信號通路顯著富集。
D. 對TCGA數(shù)據(jù)庫中的前列腺腺癌數(shù)據(jù)集(PRAD)進(jìn)行表達(dá)分析,結(jié)果顯示NR4A2與CTNNB1在原發(fā)性前列腺癌組織中呈正相關(guān)表達(dá)。
E-F. DU 145-NURR1感染細(xì)胞和DU 145-shNURR1感染細(xì)胞中CTNNB1(β-catenin)表達(dá)的RT-qPCR分析。結(jié)果顯示,與載體或?qū)φ战M相比,DU 145-NURR1感染細(xì)胞中CTNNB1顯著上調(diào),而DU 145-shNURR1感染細(xì)胞中CTNNB1表達(dá)下調(diào)。
 
(3)NURR1通過直接轉(zhuǎn)錄激活CTNNB1來激活前列腺癌細(xì)胞中的β-catenin信號通路。
ChIP和報告基因分析進(jìn)一步證實NURR1能夠直接結(jié)合到CTNNB1啟動子并激活其轉(zhuǎn)錄,進(jìn)而增加β-catenin的蛋白表達(dá)和核內(nèi)積累。

 
圖3:NURR1可以通過直接轉(zhuǎn)錄激活CTNNB1以及激活β-catenin來激活前列腺癌細(xì)胞中的Wnt/β-catenin信號通路
 
A. CTNNB1啟動子的1.3 kb片段驅(qū)動的報告基因構(gòu)建示意圖,以及三個包含點突變NBRE的報告基因構(gòu)建。
B. 熒光素酶報告基因分析。結(jié)果顯示,只有完整的NURR1,而不是其DNA結(jié)合域缺失突變體NURR1-ΔDBD,能夠以劑量依賴的方式轉(zhuǎn)錄激活CTNNB1啟動子驅(qū)動的報告基因。然而,NURR1不能轉(zhuǎn)錄激活包含點突變NBRE的報告基因。
C. 染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)分析。結(jié)果顯示在HEK293細(xì)胞中,CTNNB1啟動子上的假定NURR1結(jié)合位點富集了NURR1。IgG作為陰性對照。
D-E. AR陽性(LNCaP、22Rv1)和AR陰性(DU 145)前列腺癌細(xì)胞中β-catenin的免疫印跡分析,這些細(xì)胞分別過表達(dá)NURR1或敲低NURR1。結(jié)果顯示,LNCaP和DU 145細(xì)胞中NURR1的過表達(dá)能夠增加總β-catenin及其活性形式(去磷酸化或核內(nèi))的蛋白水平,而22Rv1和DU 145細(xì)胞中NURR1的敲低則能夠減少這些蛋白水平。然而,在這些前列腺癌細(xì)胞中,NURR1的過表達(dá)或shRNA敲低并未觀察到非活性或磷酸化β-catenin蛋白水平的顯著變化。
F-G. DU 145和22Rv1細(xì)胞中β-catenin信號通路下游調(diào)節(jié)因子的免疫印跡分析,這些細(xì)胞經(jīng)過NURR1激動劑C-DIM-12(5 μM)或Wnt抑制劑IWP-2(10 μM)處理。
 
(4)NURR1可以促進(jìn)前列腺癌細(xì)胞的體外干細(xì)胞特性和EMT
體外實驗表明,NURR1過表達(dá)能夠增強前列腺癌細(xì)胞的非貼壁生長能力、遷移和侵襲能力,并誘導(dǎo)EMT相關(guān)標(biāo)志物的表達(dá)變化。

 
圖4:NURR1能夠增強前列腺癌細(xì)胞的體外干細(xì)胞特性。
 
A-D. 非貼壁3D培養(yǎng)球體形成實驗。
E-F. NURR1和shNURR1感染株及其經(jīng)C-DIM-12或IWP-2處理的感染株中前列腺癌干細(xì)胞(PCSCs)相關(guān)標(biāo)志物的免疫印跡分析。
 
(5)NURR1可在體內(nèi)促進(jìn)前列腺癌細(xì)胞的去勢抵抗

 

圖5:NURR1能夠增強前列腺癌細(xì)胞的體內(nèi)去勢抵抗性生長(A、B 體內(nèi)致瘤性實驗)。

 
A. 顯微照片顯示在去勢后5周,由VCaP-NURR1和VCaP-載體感染細(xì)胞在宿主小鼠中生長的異種移植腫瘤,以及經(jīng)過IWP-2處理的VCaP-NURR1感染細(xì)胞形成的腫瘤。
B. 對去勢小鼠中由NURR1感染細(xì)胞形成的異種移植腫瘤大小進(jìn)行半定量分析。
C. 對VCaP-NURR1感染細(xì)胞形成的去勢復(fù)發(fā)性異種移植腫瘤進(jìn)行免疫印跡分析。

 
(6)NURR1可能起到促進(jìn)前列腺癌細(xì)胞遷移、侵襲和轉(zhuǎn)移潛力的作用

 
圖6:NURR1能夠促進(jìn)前列腺癌細(xì)胞的體外遷移和侵襲能力
 
A-B. 劃痕愈合實驗。
C-D. Transwell侵襲實驗。
E-F. NURR1和shNURR1感染細(xì)胞中EMT標(biāo)志物的免疫印跡分析。
G.  經(jīng)C-DIM-12/IWP-2處理或聯(lián)合CTNNB1敲除的DU 145-NURR1感染細(xì)胞中EMT標(biāo)志物的免疫印跡分析。
 

圖7:通過斑馬魚胚胎模型驗證NURR1能夠增強前列腺癌細(xì)胞的體內(nèi)轉(zhuǎn)移潛力

 
A. 將RFP(紅色熒光蛋白)標(biāo)記的PC-3-NURR1/載體感染細(xì)胞微注入flk:GFP(綠色熒光蛋白標(biāo)記血管)斑馬魚胚胎(受精后48小時)發(fā)育中的心臟區(qū)域。
B. 在注射后第4天,通過熒光顯微鏡觀察到的PC-3-NURR1/載體感染細(xì)胞在斑馬魚頭部(頭)和尾部(尾)區(qū)域的遷移情況。綠色代表血管,紅色代表PC-3感染細(xì)胞。顯微鏡觀察顯示,在注射后第4天,PC-3-NURR1感染細(xì)胞在斑馬魚的頭部和尾部區(qū)域有顯著數(shù)量的細(xì)胞遷移,而PC-3-載體感染細(xì)胞在這些區(qū)域幾乎未被檢測到。然而,經(jīng)過C-DIM-12處理的斑馬魚中檢測到了大量PC-3-載體感染細(xì)胞。另一方面,CTNNB1敲除的PC-3-NURR1感染細(xì)胞在斑馬魚的頭部和尾部區(qū)域未被檢測到,但在血管中有少量細(xì)胞被檢測到。
C. 對遷移至斑馬魚頭部和尾部區(qū)域的PC-3-NURR1/載體感染細(xì)胞進(jìn)行定量分析。
D. 對遷移到斑馬魚遠(yuǎn)端部位的PC-3-NURR1/載體感染細(xì)胞中EMT標(biāo)志物的表達(dá)進(jìn)行RT-qPCR分析。結(jié)果顯示,與PC-3-載體感染細(xì)胞相比,遷移的PC-3-NURR1感染細(xì)胞表現(xiàn)出增強的EMT標(biāo)志物表達(dá)特征(SNAIL1和KLF4水平增加,E-鈣粘蛋白水平降低)。用C-DIM-12處理斑馬魚能夠顯著增加CD44的表達(dá)。CTNNB1敲除的遷移PC-3-NURR1感染細(xì)胞顯示出MMP9表達(dá)降低。
E. NURR1在晚期前列腺癌中通過直接靶向CTNNB1(β-catenin)促進(jìn)去勢抵抗性、轉(zhuǎn)移和癌癥干性的作用機制模式圖。
 
易小結(jié)
本研究結(jié)果表明,NURR1在前列腺癌中通過直接調(diào)控CTNNB1的轉(zhuǎn)錄激活Wnt/β-catenin信號通路,進(jìn)而促進(jìn)前列腺癌細(xì)胞的干細(xì)胞特性、EMT、去勢抵抗性和轉(zhuǎn)移能力。因此,NURR1及其調(diào)控的Wnt/β-catenin信號通路可能成為治療前列腺癌的潛在靶點。
RNA-seq和ChIP技術(shù)在本研究中的作用
RNA-seq技術(shù):用于分析NURR1過表達(dá)對前列腺癌細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的影響。通過對比NURR1過表達(dá)和對照組的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),研究人員發(fā)現(xiàn)Wnt/β-catenin信號通路在NURR1過表達(dá)組中顯著富集,這提示NURR1可能通過調(diào)控該信號通路影響前列腺癌的生物學(xué)行為。
ChIP技術(shù):用于驗證NURR1是否直接結(jié)合到CTNNB1啟動子區(qū)域。研究人員通過發(fā)現(xiàn)NURR1能夠特異性地結(jié)合到CTNNB1啟動子上的一個特定序列(NBRE),從而為NURR1直接調(diào)控CTNNB1表達(dá)提供了直接證據(jù)。

參考文獻(xiàn):
Zhang, X., Li, H., Wang, Y. et al. Nuclear receptor NURR1 functions to promote stemness and epithelial-mesenchymal transition in prostate cancer via its targeting of Wnt/β-catenin signaling pathway. Cell Death Dis 15, 234 (2024). https://doi.org/10.1038/s41419-024-06621-w
發(fā)布者:深圳市易基因科技有限公司
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