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ToolBox在差異分析中火山圖上標記基因并局部放大的方法

瀏覽次數:1919 發布日期:2023-10-17  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

在差異分析中,我們有時會著重關注上調/下調差異基因,并會在火山圖上標注感興趣的基因。借助SBC ToolBox在線繪圖工具,我們可以在火山圖上標注基因,并將指定區域放大展示。

 

火山圖

登錄站點:

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/STV/

火山圖橫軸為log2FC,縱軸為顯著性p-value,紅色點代表顯著上調基因,藍色點代表顯著下調基因。

圖片

首先上傳畫圖數據,格式如下(需要有表頭):

圖片

數據上傳完畢后,點擊“提交分析”,即可在“輸出結果展示”界面看到默認參數下生成的圖片。在“參數調整設置”中可以對圖片進行自定義調整,例如點的顏色/大小/透明度、差異基因篩選標準、坐標軸名稱、主題、界限顏色/寬度/類型。

圖片

將主題改為Bw,背景增加灰色網格線。修改界限類型為虛線,并將點放大,得到以下圖片:

圖片

進行基因標注時,將一列GeneSymbol復制到“基因標記”輸入框,即可完成標注:

圖片

 

局部放大火山圖

登錄站點:

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/zmIn/

如果關注上調/下調差異基因,我們可以將該區域局部放大。例如要將上調基因區域放大,在“參數調整設置”中修改以下參數:

圖片

生成結果如下,右邊的上調基因區域被放大,圖中仍可進行基因標注:

圖片

以上就是使用在線工具得到的繪圖結果。SBC ToolBox共有七十余個繪圖工具,目前還在持續更新中,注冊后即可免費繪制各種自定義圖片,快來看看吧。

SBC ToolBox:https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

發布者:上海生物芯片有限公司
聯系電話:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com

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