高通量基因組分析是生命科學(xué)研究中不可或缺的重要工具，這項技術(shù)在推動科研進步方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。為了滿足科研領(lǐng)域?qū)Ω咝А�準確制備方法的迫切需求，seqWell 的 Express PlexTM Library Kit 提供了一種專門用于高通量制備質(zhì)粒和擴增子文庫的解決方案。
 
在傳統(tǒng)的手工制備文庫方法中，完成 96 個樣品的制備需要耗費長達 90 分鐘的時間，其中手動操作時間占據(jù)了 30 分鐘。這種方式不僅效率低下，還容易因為人為因素引入誤差。
 
為了改進這一狀況，本文對比了兩種文庫制備方法，一種是在 Opentrons Flex™ 移液工作站上使用 seqWell ExpressPlex™ Library Kit ，另一種是手工制備文庫。
 
通過結(jié)合 Flex 移液工作站與 seqWell ExpressPlex™ Library Kit，我們可以顯著縮短文庫制備時間，提高樣本通量。這種自動化的解決方案不僅提升了制備效率，還降低了產(chǎn)生人為誤差的風(fēng)險，為生命科學(xué)研究提供了更為可靠、高效的工具。
 
材料與方法
根據(jù) Express Plex 的工作流程，我們在 Flex 自動化移液工作站上進行文庫制備。實驗過程中，我們輸入 16 ng 的 pUC19 ，再將所有組分加入反應(yīng)板 ， 用 3000 rpm 的轉(zhuǎn)速混勻 90 秒，然后進行后續(xù)的文庫制備和混合步驟。之后在 NextSeq 2000 測序儀上對最終的文庫進行 2X150 bp 測序。
 
工作流程展示 A）ExpressPlex 工作流程包括將 index 和 DNA 加入反應(yīng)板（已含有酶等混合物），然后進行擴增、混合和 MAGwise 磁珠純化；
B）Flex 工作站包括吸頭盒、模塊、轉(zhuǎn)板抓手和其他配件；
C）Flex 工作站板位設(shè)置，用于在擴增后將 4 個反應(yīng)板進行文庫混合。
 
應(yīng)用實驗結(jié)果  
A）結(jié)果顯示 96 孔板中文庫 Read Count 變異系數(shù)（CV）為 12.7%；
B）95% 的文庫數(shù)據(jù)通過了數(shù)據(jù)預(yù)處理，為高質(zhì)量數(shù)據(jù)，且超過 90% 文庫質(zhì)量得分達到 Q30；
C）由 Flex 制備的文庫比手動制備的文庫濃度更高。 利用錯開的開始時間，可以在 Opentrons FlexTM 上 3 小時內(nèi)制備 8 個獨立的 96 混 1 文庫。在 Flex 上設(shè)置第一塊反應(yīng)板后，可以在 24 小時內(nèi)完成 768 個文庫的制備。
 
應(yīng)用實驗結(jié)論
在 Flex 移液工作站上制備的 96 個 pUC19 質(zhì)粒樣本文庫呈現(xiàn)出了高度均一的質(zhì)量，充分證明了 Flex 平臺在自動化文庫制備方面的卓越性能。
 
與手動制備相比，自動化文庫制備不僅穩(wěn)定性更佳，而且文庫濃度更高。此外，超過 95% 的讀數(shù)成功通過測序儀質(zhì)檢 PF，這進一步驗證了自動化制備流程的高效性和準確性。
 
Flex 移液工作站支持在單次運行中處理多達 384 個樣本，極大地提高了樣本處理效率。通過合理安排時間，我們甚至可以在 24 小時內(nèi)處理高達 768 個樣本，從而滿足大規(guī)模高通量基因組分析的需求。
在 Flex 平臺上進行自動化 ExpressPlex™ Library Prep Kit 工作流程，我們實現(xiàn)了從提取的質(zhì)粒/擴增子DNA 到數(shù)據(jù)生成的全流程自動化。這一解決方案不僅簡化了操作步驟，降低了人為誤差，而且顯著提高了實驗效率和數(shù)據(jù)質(zhì)量，為生命科學(xué)研究領(lǐng)域的發(fā)展注入了新的動力。
 
參考文獻
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