內毒素（endotoxin），即脂多糖或LPS，是革蘭氏陰性菌（如大腸桿菌）細胞膜的組成部分。細菌外膜的外層脂質部分是完全由內毒素分子所構成的。單個大腸桿菌細胞約包含兩百萬個LPS分子，每個LPS分子由疏水的脂質A（lipid A）部分、復雜的糖類殘基陣列部分及負電性的磷酸基團所組成。廣泛存在我們的試劑耗材和樣品之中，是生物醫學試驗和醫藥制品中的一大污染源，是蛋白、核酸、多糖等生物大分子純化過程中最令人頭疼的雜質之一。內毒素對哺乳動物的免疫系統具有極強的刺激性，極微量的內毒素即可引起動物機體發熱甚至死亡，對動物細胞有很強的毒性，嚴重影響著各種體內外試驗和藥物的安全性。