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NGS基因文庫構建大比拼:人機大戰

瀏覽次數:6815 發布日期:2016-4-15  來源:伯齊科技
 

隨著測序技術的發展,科學界也開始越來越多地應用測序技術來解決生物學問題。在過去的十年里,新一代測序技術—第二代測序(NGS)迅猛發展,越來越多測序實驗室的采用NGS技術作為測序主要手段。而且NGS高通量的特點,使之成為研究DNA和RNA的主要工具。

在NGS過程中,構建基因文庫是整個測序進程中第一個步驟,也是最為關鍵步驟,基因文庫的質量直接影響后續的測序工作。雖然二代測序技術發展迅速,但是基因文庫的構建仍然是一項十分耗費時間以及重復性高的工作,需要熟練的科研技術人員在整個操作過程中保持需高度注意力,花費5個小時甚至更多的時間才能完成建庫工作。

為了減輕測序工作人員負擔,解放雙手,法國羅氏診斷公司與派瑪·迪格(PrimaDiag)公司宣布合作,開發了ACSIA NGSLibPrep自動化移液工作站,為羅氏提供的建庫產品提供自動化解決方案,將繁瑣冗長的建庫工作自動化。

派瑪·迪格公司成立于法國,專注于科學和醫學生物領域,針對生物學特別是分子生物學領域的各種需要的自動化操作工作,創新研制簡單但強大的自動化平臺。

ACSIA NGSLibPrep全自動建庫系統移液精準,重復性高,在建庫過程中避免了任何人為誤差,從而提高文庫的質量。羅氏診斷公司提供建庫用的KAPA建庫試劑盒在這個平臺上能實現完全自動化,不需要任何人工參與。所以使用ACSIA NGSLibPrep進行建庫工作是一種非常經濟合算的方法。Kapa Biosystems和羅氏NimbleGen的建庫操作步驟都在ACSIA NGSLibPrep自動化平臺上進行了步驟優化,預設了運行程序,因此,使用ACSIA NGSLibPrep自動化平臺構建基因文庫,只需要打開預設的方法,輸入樣本數,點擊OK就可以了。人工完成建庫長達5小時的工作,用ACSIA平臺只需要人工操作15分鐘,其他的都由ACSIA平臺代替完成。

ACSIA NGSLibPrep平臺使用了派瑪.迪格公司的創新專利技術APIM(感應磁化吸引技術),根據需求通電或斷電產生磁力去極化,無需轉移微孔板就可以對磁珠進行吸引和釋放,實現磁珠零殘留。此外,ACSIA NGSLibPrep全自動建庫系統上可以配置市場上供應的任何類型的微孔板和深孔板。所有的液體參數經過精心優化,系統設有專利的SMT智能省槍頭系統,可在沒有交叉污染的情況下重復使用槍頭。這使得建庫所使用的實際試劑消耗達到最小,而優化的操作步驟也允許使用最少的槍頭數來完成整個建庫工作,大大節約試劑和耗材成本。在ACSIA NGSLibPrep平臺上構建48個DNA文庫僅需要3盒槍頭,而人工操作使用的槍頭數會達到14盒之多;處理每個樣品平均使用的槍頭數從人工完成所需要的28個降到了6個,大大節省了槍頭成本。比較ACSIA和人工建立的文庫質量,使用ACSIA處理樣本,得到的樣本濃度更加均一,變異系數小。(見圖1)

除了羅氏和Kapa Biosystems試劑,派瑪.廸格已先后跟多個NGS試劑廠家合作,并進行優化,包括Illumina、NEB、安捷倫等。所以,ACSIA NGSLibPrep全自動建庫系統已內置各試劑廠家的優化實驗程序,用戶只需在平臺上放好試劑,打開相對應的試劑程序,需入樣本數量,系統便會全自動地把工作完成。真正輕松進行NGS實驗!!

 
圖1展示的是用KAPA建庫試劑盒,使用ACSIA自動化平臺和人工操作平行處理12個樣本,自動化平臺建庫的到的樣本濃度范圍從22.93~27.83 ng/μL,變異系數是1.25,人工建庫的到的樣本濃度范圍是22.52 t~ 47.73 ng/μL,變異系數是8.29。
 
 
Figure 1: Variation of concentration between 12 samples prepared on ACSIA (blue) and manually (red)

 
待續...........NGS人機大戰(下集):NGS文庫捕獲大比拼
 
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