在發酵過程中，由于發酵液有大量的蛋白質，在通氣攪拌等條件下會產生泡沫，這是普遍存在的現象。
但如果泡沫增多，直到擴散到整個罐體，將會造成發酵液溢出發酵罐，從而增加染菌可能性。因此實驗室發酵罐中的消泡系統也是確保發酵正常進行的重要環節，是很有必要的一部分。

首先在前期就要確保罐內的液體量不超過發酵罐內部空間的四分之三，剩余空間一方面是給發酵通氣后上升液面有所余地，另一方面也是為了給消泡留有緩沖的時間。實驗室發酵罐通常采取機械消泡和消泡劑這兩種方法進行消泡。

一般的靶式消泡器，裝在發酵液面稍上的位置，跟隨攪拌軸轉動時，耙齒會將泡沫打碎。

但是這種方式消泡效果也很有限，只對發酵開始產生的大泡有作用，對于流狀泡沫更是不起作用，所以主要是輔助消泡劑搭配使用。

發酵罐罐蓋上通常會有一組消泡電極和接地柱形成的線路，當泡沫上升至消泡電極位置時，消泡電極之間會形成電信號，發出預警開關信號系統，代表罐內泡沫升高，需投放消泡劑。
當預警信號維持若干秒時（此時間被稱為靈敏度），在確認泡沫的持續存在之后，控制器會發出控制開關信號，運行消泡泵，從而投放消泡劑來解決問題。

以霍爾斯（HOLVES）實驗發酵罐為例，高敏感消泡電極在檢測到泡沫后，則會通過FOAM泵投放消泡劑，為了防止消泡劑投放過量，HF-Control系統會間歇投放，即投放一段時間，再停頓一段時間。

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