PEAKS DIA Streamlined工作流

瀏覽次數：1433　發布日期：2023-4-11　來源：本站　僅供參考，謝絕轉載，否則責任自負

數據獨立采集(DIA)是一種在設定的質荷比(m/z)窗口內的所有離子被碎裂和分析的質譜(MS)方法。與數據依賴采集(DDA)相反，DIA工作流可以不局限于豐度排名前幾的母離子，而重復定性和定量多肽。在DDA模式下，質譜儀從MS1掃描中選擇最高豐度的母離子，只有這些選擇的肽段被串聯質譜碎裂并分析。在DIA中，在給定時間內碎裂所有進入質譜儀的離子(broadband DIA)或在固定或可變的m/z窗口內依次碎裂離子 (SWATH，連續采集窗口獲取所有理論碎裂離子)，從而產生MS/MS 圖譜(1)。近年的diaPASEF(平行累加-串聯碎裂)技術，將捕集離子淌度分離(TIMS)與DIA相結合，以提高多肽檢測的靈敏度并增加蛋白質組覆蓋深度(2)。PEAKS Studio和Online都兼容上述所有類型的DIA數據，無論采用哪種方法，PEAKS軟件都將幫助您的分析。

DIA工作流程的優點

減少分析的所有肽段的偏差
在Mass run中提高的多肽鑒定和定量的重復性(3)
在動態范圍內量化復雜混合物中的蛋白質
消除抽樣不足的影響
增加蛋白質組覆蓋的靈敏度和深度
與DDA相比，精度和可重復性更高(4)
通過非標記定量降低成本

最大化提高DIA數據集的鑒定率

由于DIA MS/MS光譜是由一個m/z窗口內的一系列母離子產生的，它們通常包含來自多個多肽產生碎裂的信號。這對從DIA光譜中多肽鑒定算法提出了獨特的挑戰。PEAKS 11為解決這個問題提供了一個強大而靈活的解決方案，通過使用譜庫搜索(無論是否包含用于蛋白質推斷的序列數據庫)、直接序列數據庫搜索（direct Database）或幾種方法的組合來進行肽定性和定量，以獲得蛋白質組深度的肽段覆蓋(5)。此外，可以應用從頭測序來解析那些沒有得到很好匹配的譜圖。
對于譜圖庫和直接數據庫搜索、從頭測序這幾種方式組合的分析，搜索空間是放大的。首先，對先前鑒定獲得的譜圖庫進行SL search，通過錯誤發現率的閾值設定，保留通過篩選的多肽。在FDR閾值內沒有得到良好匹配的譜圖，進行直接數據庫檢索。來自與數據庫匹配的可靠肽段會添加到結果中。然后，使用相同的FDR閾值設置，可以繼續使用從頭測序分析在數據庫搜索中未匹配的譜圖，即PEAKS Stream-lined工作流執行DIA的數據分析。

DIA數據有幾個可用的工作流程。傳統上，常用的工作流程是從DDA數據生成一個庫，并在搜索DIA數據時使用這個庫，使得數據庫搜索可以鑒定更多的多肽。另一種工作流程是使用PEAKS 11直接搜索DIA數據 (不需要事先搜索譜庫)，而且，未匹配的圖譜可以進行從頭測序，另外在定量模塊中，可以對DIA數據進行非標記的定量。最后，在PEAKS Online中，QC分析提供了定性、定量的數據質控的統計概要和結果的可視化。