（一）利用分子大小
1、透析：將待提純蛋白質放在透析袋中放在蒸餾水中進行 。原理：利用蛋白質分子不能透過半透膜的性質，使蛋白質和其他小分子物質如無機鹽、單糖、水等分開。
2、超過濾：利用壓力和離心力，強行使其他小分子和水通過半透膜，而蛋白質留在膜上。
3、凝膠過濾層析。原理：當不同分子大小的蛋白質混合物流進凝膠層析柱時，比凝膠網孔大的分子不能進入珠內網狀結構，排阻在凝膠珠以外，在凝膠珠縫隙間隙中向下移動。而比孔小的分子不同程度地進入凝膠珠內，這樣由于不同大小分子所經歷的路徑不同而到分離。

（二）利用溶解度差別
4、等電點沉淀。
原理：不同蛋白質具有不同的等電點，當蛋白質混合物調到其中一種蛋白質的等電點時，這種蛋白質大部分和全部被沉淀下來.。
5、鹽析與鹽溶 。
原理：低濃度時，中性鹽可以增加蛋白質溶解度這種現象稱為鹽溶.當離子強度增加，足夠高時，例如飽和或半飽和程度，很多蛋白質可以從水中沉淀出來，這種現象稱為鹽析。

（三）根據電荷不同
6、SDS-PAGE 全稱 十二烷基硫酸鈉—聚丙烯酰胺凝膠電泳。
原理：通過加熱和SDS可以使蛋白質變性，多亞基的蛋白質也解離為單亞基，處理后的樣品中肽鏈是處于無二硫鍵連接的，分離的狀態。電泳時SDS-蛋白質復合物在凝膠中的遷移率不再受蛋白質原有電荷和形狀的影響，而主要取決于蛋白質分子量。所以SDS-PAGE常用來分析蛋白質的純度和大致測定蛋白質的分子量。
7、離子交換層析。
原理：氨基酸分離常用陽離子交換樹脂，樹脂被處理成鈉型，將混合氨基酸上柱，氨基酸主要以陽離子形式存在，在樹脂上與鈉離子發生交換，而被掛在樹脂上。