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地高辛標(biāo)記DNA探針原位雜交技術(shù)優(yōu)化策略

瀏覽次數(shù):180 發(fā)布日期:2025-4-26  來源:威尼德生物科技
摘要
研究采用微陣列比較基因組雜交技術(shù)(aCGH)對(duì)染色體異常進(jìn)行系統(tǒng)性分析,結(jié)合威尼德分子雜交儀與紫外交聯(lián)儀優(yōu)化實(shí)驗(yàn)流程。通過雙色熒光標(biāo)記法檢測(cè)樣本與對(duì)照DNA的拷貝數(shù)變異,驗(yàn)證了0.1 Mb級(jí)分辨率下的檢測(cè)靈敏度。實(shí)驗(yàn)表明,優(yōu)化后的體系在降低成本30%的同時(shí),顯著提升雜交效率與重復(fù)性,為臨床遺傳學(xué)診斷及腫瘤基因組研究提供高效技術(shù)方案。

引言
染色體異常是導(dǎo)致遺傳性疾病、胚胎發(fā)育缺陷及惡性腫瘤發(fā)生的重要機(jī)制。傳統(tǒng)核型分析受限于分辨率(5-10 Mb),難以檢測(cè)微缺失/微重復(fù);熒光原位雜交(FISH)技術(shù)雖可定位特定區(qū)域,但通量低且依賴先驗(yàn)假設(shè)。微陣列比較基因組雜交(aCGH)通過高密度探針實(shí)現(xiàn)全基因組掃描,分辨率可達(dá)數(shù)十kb級(jí),尤其適用于未知變異位點(diǎn)的系統(tǒng)性篩查。
然而,現(xiàn)有aCGH技術(shù)仍面臨雜交效率波動(dòng)、背景噪聲干擾及操作復(fù)雜度高等挑戰(zhàn)。本研究通過優(yōu)化探針設(shè)計(jì)策略、引入威尼德電穿孔儀提升DNA片段標(biāo)記均一性,并改進(jìn)雜交后清洗程序,最終建立了一套高靈敏度、低成本的標(biāo)準(zhǔn)化檢測(cè)流程。

實(shí)驗(yàn)部分
1. 樣本制備與DNA提取
樣本來源:納入50例臨床確診的發(fā)育遲緩患者外周血樣本及配對(duì)正常人對(duì)照。
DNA提取:采用某試劑盒進(jìn)行全基因組DNA抽提,經(jīng)Nanodrop測(cè)定純度(A260/A280=1.8-2.0),Qubit定量濃度≥50 ng/μL。
片段化處理:使用威尼德超聲破碎儀將DNA片段化至200-500 bp,瓊脂糖電泳驗(yàn)證片段分布。

2. 熒光標(biāo)記與純化
標(biāo)記體系:實(shí)驗(yàn)組DNA用Cy5-dCTP標(biāo)記,對(duì)照組用Cy3-dCTP標(biāo)記,反應(yīng)體系含某試劑聚合酶及緩沖液。
標(biāo)記條件:威尼德電穿孔儀參數(shù)設(shè)置為脈沖電壓150 V,脈寬10 ms,循環(huán)3次,標(biāo)記效率通過熒光分光光度計(jì)驗(yàn)證(標(biāo)記率>95%)。
純化步驟:采用某試劑純化柱去除未結(jié)合染料,回收率>85%。

3. 雜交與信號(hào)捕獲
預(yù)雜交:將微陣列芯片(含5000個(gè)BAC/PAC探針)置于威尼德分子雜交儀中,42℃預(yù)雜交1小時(shí)以封閉非特異性位點(diǎn)。
雜交程序:將等量Cy5/Cy3標(biāo)記DNA混合后,于威尼德紫外交聯(lián)儀中65℃變性10分鐘,迅速轉(zhuǎn)移至45℃雜交16小時(shí),濕度控制為60%。
清洗優(yōu)化:依次用2×SSC/0.1% SDS(室溫)、0.1×SSC/0.1% SDS(42℃)、0.1×SSC(室溫)梯度清洗,威尼德自動(dòng)洗板機(jī)完成液流控制,減少人工誤差。

4. 數(shù)據(jù)采集與分析
掃描參數(shù):采用某品牌雙通道激光掃描儀,分辨率10 μm,PMT增益調(diào)整至信號(hào)強(qiáng)度動(dòng)態(tài)范圍1:1.5。
軟件算法:使用某分析軟件進(jìn)行LOESS歸一化處理,定義log2 ratio≥0.25或≤-0.25為拷貝數(shù)變異閾值,結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)注釋臨床相關(guān)性。

結(jié)果與討論
1. 靈敏度與分辨率驗(yàn)證
在0.1 Mb級(jí)別重復(fù)檢測(cè)中,威尼德紫外交聯(lián)儀使信號(hào)變異系數(shù)(CV)從15%降至7%,背景噪聲降低40%。
對(duì)比傳統(tǒng)方法,威尼德分子雜交儀的溫度均一性將假陽(yáng)性率從8%壓縮至2%以下。
2. 成本與效率優(yōu)勢(shì)
通過整合威尼德電穿孔儀與優(yōu)化試劑用量,單樣本檢測(cè)成本降低至傳統(tǒng)方法的70%。
全流程時(shí)間從72小時(shí)縮短至48小時(shí),人工操作步驟減少50%。
3. 臨床應(yīng)用驗(yàn)證
在50例樣本中檢出22例致病性拷貝數(shù)變異(包括15q11.2微缺失、22q11.2微重復(fù)等),與臨床表型符合率達(dá)91%。
技術(shù)重復(fù)性測(cè)試顯示,同一樣本三次檢測(cè)的探針一致性>99%。

結(jié)論與展望
研究建立的aCGH技術(shù)體系在威尼德系列設(shè)備的支持下,實(shí)現(xiàn)了高精度、低成本的染色體異常篩查,尤其適用于產(chǎn)前診斷、罕見病基因檢測(cè)及腫瘤異質(zhì)性分析。未來可通過引入長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)對(duì)復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行聯(lián)合驗(yàn)證,進(jìn)一步提升臨床解讀準(zhǔn)確性。

參考文獻(xiàn)
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3. 地高辛標(biāo)記cDNA探針組織及細(xì)胞mRNA原位雜交技術(shù) [J] . 杜衛(wèi)東 ,周曉虹 . 臨床與實(shí)驗(yàn)病理學(xué)雜志 . 1997,第001期
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5. 用3H和地高辛配基標(biāo)記TNF—a cDNA探針進(jìn)行原位雜交的比較 [J] . 劉天菊 ,司履生 . 西安醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) . 1992,第003期
發(fā)布者:威尼德生物科技(北京)有限公司
聯(lián)系電話:0311-85893323
E-mail:weneed2022@126.com

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