高通量測序服務——細菌基因組測序
詳細描述:
隨著細菌基因組研究的迅速發展,全基因組測序已逐步成為微生物基礎研究的重要手段之一。截至2010年11月,全世界已發布了1748個細菌基因組、61個真菌基因組和103個古細菌基因組序列。新一代高通量測序技術大大減少了基因組測序的成本和時間,讓更多實驗室可以開展微生物基因組測序項目。
根據不同的研究目的和測序要求,細菌基因組測序可分為四種類型:細菌基因組Scanning、細菌基因組框架圖、細菌基因組精細圖和細菌基因組完成圖。美吉生物靈活應用Roche 454長片段測序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測序,結合454雙末端測序(Paired-End Sequencing)及Solexa末端配對測序(Mate-Pair Sequencing,MP)技術,針對不同的基因組測序類型,提供專業、合理、高性價比的測序服務。
美吉優勢
1. 擁有自主實驗室和高通量測序平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。
2. 擁有ABI3730xl常規測序平臺、Roche 454高通量測序平臺和Illumina Solexa高通量測序平臺,三種平臺聯合應用,優勢互補,在微生物基因組測序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技術人員經驗豐富,每年完成數百個BAC全長測序、幾十個微生物基因組測序的Gap Closing工作。
4. 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機平臺,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
一. 細菌基因組Scanning
細菌基因組Scanning采用Illumina 測序技術,對基因組進行50×低深度測序,根據序列組裝結果,以獲取基因組序列的基本信息。
二. 細菌基因組框架圖
細菌基因組框架圖采用Illumina短片段測序技術和末端配對測序(MP)技術,對基因組進行100×深度測序。MP測序數據用來確定Contigs之間的排列關系,結合100×測序深度,可以得到較佳的基因組拼接結果和較高的基因區覆蓋度,為隨后的基因組信息挖掘提供良好基礎。
生物信息分析
1. 原始數據統計
2. 序列組裝
3. 基因預測
4. 常規基因功能注釋
三. 細菌基因組精細圖
為了避免單個平臺的測序偏向性以及短片段造成的基因組組裝錯誤,細菌基因組精細圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(Paired-End)搭建基因組框架,然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序(100×),將短片段序列mapping到基因組框架中,即可獲得高質量的基因組精細圖。在此基礎上,可以借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組或其中的某一區域進行Gap Closing。
生物信息分析
1. 原始數據統計
2. 序列組裝
3. 基因預測
4. 基因功能注釋
四. 細菌基因組完成圖
細菌基因組完成圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(Paired-End)搭建基因組框架,然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序(100×),將短片段序列mapping到基因組框架中,獲得基因組精細圖,再借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組進行Gap Closing,即可得到基因組完成圖。
生物信息分析
1. 基因組序列拼接
原始數據統計、基因組覆蓋度計算、Contigs長度分布等。
2. 基因注釋
編碼基因預測,基因功能注釋(NR、Swissprot、Interpro等)、Non-coding RNA注釋、重復序列注釋等。
3. 基因功能分類
COG功能分類、KEGG通路分析等。
4. 比較基因組及進化分析
與近源物種的基因組序列對比,進行SNP、SV等變異結構檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。
成功案例
美吉生物已成功完成細菌精細圖26例和細菌完成圖15例。部分完成圖數據如下:
細菌名稱 |
雙歧桿菌 |
芽孢桿菌 |
某海洋菌 |
鏈霉菌 |
單胞菌 |
基因組大小 |
2.1Mb |
4Mb |
7.2Mb |
11Mb |
5Mb |
基因組復雜度 |
簡單 |
中等 |
中等 |
高GC |
IS多,部分區域結構復雜 |
GC含量 |
59% |
46.6% |
34.4% |
71% |
63.9% |
測序方法 |
454 Single
& Sanger |
454 Single
& Sanger |
454 Paired-
End & Sanger |
454 Paired- End & Solexa |
454 Paired- End & Solexa |
Scaffolds(個) |
5 |
37 |
13 |
24 |
17 |
Contigs(個) |
5 |
37 |
82 |
125 |
47 |
精細圖周期 |
1個月 |
1個月 |
1個月 |
1個月 |
1個月 |
完成圖周期 |
1個月 |
1個月 |
2.5個月 |
2個月 |
3個月 |
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上海美吉生物醫藥科技有限公司專注于新一代DNA高通量測序技術的應用和推廣、生物信息分析、臨床診斷試劑盒研發和轉化醫學研究,是上海張江高科技園區、張江藥谷重點支持企業,華東師范大學戰略合作單位。目前,美吉生物在上海、北京、廣州三個一線城市建立了實驗基地,銷售網絡遍布全國各地。
美吉生物擁有世界一流的測序平臺,在ABI3730xl常規測序平臺的基礎上,先后引進了羅氏454高通量測序平臺和Illumina高通量測序平臺,專業提供動植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、轉錄組測序、小RNA測序、基因表達譜分析等技術服務。
美吉生物擁有一支實力雄厚的技術團隊,有從事分子生物學研究十多年、經驗豐富的技術骨干,也有創新進取、拼勁十足的希望之星。技術團隊經驗豐富,曾參與水稻、番茄、家蠶等多項大型基因組學項目,可以為您提供專業、合理、高性價比的實驗方案。
生物信息學是國際前沿的新興學科,近年來發展迅猛。美吉生物擁有一支具有國際一流水平的生物信息分析團隊,不僅可以提供標準流程化的生物信息分析,還可以根據不同的課題需求,提供個性化的深度數據挖掘。
B2B(Bench to Bedside)的轉化醫學模式,大大縮短了醫學科學從基礎研究到臨床應用的時間,加速了人類進入基因組醫學時代的步伐。基于對未來醫學發展趨勢的充分理解,美吉生物和國內多家著名三甲醫院聯合建立了轉化醫學中心,開展轉化醫學研究,以迎接基因組醫學時代的到來。
美吉生物秉承“專業、卓越”的企業理念,“以客戶為本,讓客戶滿意”的服務宗旨,一如既往地致力于提供高品質、高效率的技術服務,努力將公司打造成為國內一流企業。因為敬業,所以專業;因為專業,所以選擇;選擇美吉,選擇滿意!