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高通量測序服務——細菌基因組測序
應用Roche 454長片段測序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測序,結合454雙末端測序及Solexa末端配對測序技術,針對不同的基因組測序類型,提供專業的測序服務。
服務類別:測序/合成總訪問:6452
最后更新:2015-7-14半年訪問:362
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高通量測序服務——細菌基因組測序

詳細描述:
隨著細菌基因組研究的迅速發展,全基因組測序已逐步成為微生物基礎研究的重要手段之一。截至2010年11月,全世界已發布了1748個細菌基因組、61個真菌基因組和103個古細菌基因組序列。新一代高通量測序技術大大減少了基因組測序的成本和時間,讓更多實驗室可以開展微生物基因組測序項目。
根據不同的研究目的和測序要求,細菌基因組測序可分為四種類型:細菌基因組Scanning、細菌基因組框架圖、細菌基因組精細圖和細菌基因組完成圖。美吉生物靈活應用Roche 454長片段測序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測序,結合454雙末端測序(Paired-End Sequencing)及Solexa末端配對測序(Mate-Pair Sequencing,MP)技術,針對不同的基因組測序類型,提供專業、合理、高性價比的測序服務。
 
美吉優勢
1. 擁有自主實驗室和高通量測序平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。
2. 擁有ABI3730xl常規測序平臺、Roche 454高通量測序平臺和Illumina Solexa高通量測序平臺,三種平臺聯合應用,優勢互補,在微生物基因組測序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技術人員經驗豐富,每年完成數百個BAC全長測序、幾十個微生物基因組測序的Gap Closing工作。
4. 擁有專業的生物信息團隊和大型計算機平臺,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
 
一. 細菌基因組Scanning
細菌基因組Scanning采用Illumina 測序技術,對基因組進行50×低深度測序,根據序列組裝結果,以獲取基因組序列的基本信息。
 
二. 細菌基因組框架圖
細菌基因組框架圖采用Illumina短片段測序技術和末端配對測序(MP)技術,對基因組進行100×深度測序。MP測序數據用來確定Contigs之間的排列關系,結合100×測序深度,可以得到較佳的基因組拼接結果和較高的基因區覆蓋度,為隨后的基因組信息挖掘提供良好基礎。
 
生物信息分析
1. 原始數據統計
2. 序列組裝
3. 基因預測
4. 常規基因功能注釋
 
三.   細菌基因組精細圖
為了避免單個平臺的測序偏向性以及短片段造成的基因組組裝錯誤,細菌基因組精細圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(Paired-End)搭建基因組框架,然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序(100×),將短片段序列mapping到基因組框架中,即可獲得高質量的基因組精細圖。在此基礎上,可以借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組或其中的某一區域進行Gap Closing。
 
生物信息分析
1. 原始數據統計
2. 序列組裝
3. 基因預測
4. 基因功能注釋
 
四.   細菌基因組完成圖
細菌基因組完成圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(Paired-End)搭建基因組框架,然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序(100×),將短片段序列mapping到基因組框架中,獲得基因組精細圖,再借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組進行Gap Closing,即可得到基因組完成圖。
 
生物信息分析
1. 基因組序列拼接
原始數據統計、基因組覆蓋度計算、Contigs長度分布等。
2. 基因注釋
編碼基因預測,基因功能注釋(NR、Swissprot、Interpro等)、Non-coding RNA注釋、重復序列注釋等。
3.  基因功能分類
COG功能分類、KEGG通路分析等。
4. 比較基因組及進化分析
與近源物種的基因組序列對比,進行SNP、SV等變異結構檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。
 
成功案例
美吉生物已成功完成細菌精細圖26例和細菌完成圖15例。部分完成圖數據如下:

細菌名稱
雙歧桿菌
芽孢桿菌
某海洋菌
鏈霉菌
單胞菌
基因組大小
2.1Mb
4Mb
7.2Mb
11Mb
5Mb
基因組復雜度
簡單
中等
中等
高GC
IS多,部分區域結構復雜
GC含量
59%
46.6%
34.4%
71%
63.9%
測序方法
454 Single
& Sanger
454 Single
& Sanger
454 Paired-
End & Sanger
454 Paired- End & Solexa
454 Paired- End & Solexa
Scaffolds(個)
5
37
13
24
17
Contigs(個)
5
37
82
125
47
精細圖周期
1個月
1個月
1個月
1個月
1個月
完成圖周期
1個月
1個月
2.5個月
2個月
3個月

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