糖基化是指蛋白質(zhì)在酶的作用下被連接上糖鏈的過程。細(xì)胞內(nèi)超過 50% 的蛋白質(zhì)都修飾有糖鏈。連接于天冬酰胺(Asn)殘基上的N-糖基化在真核生物中廣為存在,也是研究最為深入的一種糖基化形式。蛋白質(zhì)N-糖基化修飾主要在復(fù)雜的多細(xì)胞或組織形成過程中起關(guān)鍵作用,參與細(xì)胞識(shí)別、免疫應(yīng)答、細(xì)胞分化等生命活動(dòng)。 蛋白質(zhì)經(jīng)酶解后利用凝集素(lectin)富集N-糖基化肽段,再用N-糖酰胺酶(PNGase)在重水中切除糖鏈,然后通過LC-MS/MS對(duì)糖基化位點(diǎn)進(jìn)行分析,實(shí)現(xiàn)大規(guī)模N-糖基化蛋白質(zhì)定性定量分析。
實(shí)驗(yàn)流程
應(yīng)用方向
▶ 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)研究;
▶ 基因表達(dá)調(diào)控研究;
▶ 腫瘤發(fā)展機(jī)制研究;
數(shù)據(jù)分析
表 |
圖 |
蛋白質(zhì)鑒定列表 |
層次聚類熱圖(cluster) |
COG/KOG分析 |
肽段鑒定定量列表 |
修飾位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)繪圖 |
GO富集分析 |
修飾位點(diǎn)鑒定定量列表 |
GO功能富集圖 |
KEGG富集分析 |
肽段保守motif分析列表 |
KEGG通路圖 |
蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析 |
GO功能列表 |
保守motif分析 |
互作網(wǎng)絡(luò)Module分析 |
KEGG信號(hào)通路Mapping表 |
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參考文獻(xiàn)
1.Quantitative proteomics analysis reveals important roles of N-glycosylation on ER quality control system for development and pathogenesis in Magnaporthe oryzae. 2020. PLoS Pathogens. (IF 6.823) 【客戶文獻(xiàn)】
Label-free-N糖基化修飾揭示N糖基化修飾參與稻瘟菌致病過程的分子機(jī)制
2.Comparative Analysis of Whey N-Glycoproteins in Human Colostrum and Mature Milk Using Quantitative Glycoproteomics. 2017. J Agric Food Chem. (IF 5.279) 【客戶文獻(xiàn)】
N-糖基化揭示初乳和成熟乳之間的營養(yǎng)價(jià)值
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中科新生命(APTBIO)自2004年成立以來,已建立科技服務(wù)(蛋白/修飾/代謝研究)、生物醫(yī)藥表征確證及精準(zhǔn)醫(yī)療三大服務(wù)平臺(tái)。APTBIO前身為原中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院蛋白質(zhì)組研究分析中心對(duì)外服務(wù)部,是最早參與國際HLPP(肝臟)、HPPP(血漿)項(xiàng)目的平臺(tái)之一,已獲得CMA計(jì)量認(rèn)證,鄧白氏認(rèn)證及ISO9001質(zhì)量認(rèn)證。作為國內(nèi)提供質(zhì)譜系統(tǒng)解決方案的領(lǐng)航者,中科新生命已在高水平SCI雜志上發(fā)表論文數(shù)百篇;獲得各項(xiàng)發(fā)明專利和專業(yè)著作權(quán)數(shù)十項(xiàng);并建立具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)(LIMS),強(qiáng)化了實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量監(jiān)測(cè)和質(zhì)量管理,保證客戶數(shù)據(jù)的高效安全性。APTBIO秉承“為人類健康事業(yè)做出貢獻(xiàn)”的信念,整合蛋白質(zhì)組、代謝組、臨床診療及醫(yī)藥研發(fā)數(shù)據(jù),為實(shí)現(xiàn)基礎(chǔ)研究到臨床的完美轉(zhuǎn)化提供精準(zhǔn)平臺(tái)。