蛋白泛素化修飾(Ubiquitination)常伴隨泛素-蛋白酶體降解,引起蛋白穩定性變化,參與增殖凋亡、內吞、免疫等各種生物調控過程。其發生過程是通過一個三酶級聯 (E1-E2-E3)反應,使得單或多個泛素分子連接到蛋白氨基酸(Lys)側鏈上,并常伴隨蛋白酶體降解,調控蛋白表達水平變化。發生泛素化修飾的賴氨酸共價連接泛素分子,即兩個甘氨酸K-ε-GG殘基,使分子量產生114.1 Da的質量偏移。利用質譜可準確測定分子量是否發生114.1Da的質量偏移,從而檢測泛素化修飾肽段及位點。 4D-label free泛素化蛋白組學是基于timsTOF Pro質譜儀,通過數據依賴性采集-同步累積連續碎裂(ddaPASEF)掃描模式進行泛素化差異蛋白質組學分析。4D-label free修飾組,利用了離子淌度分離,能根據分子的形狀、截面積屬性,可有效區分修飾同分異構多肽,極大提高修飾的鑒定深度,以更少上樣量、更快掃描速度,實現蛋白質組學在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。
實驗流程
應用方向
▶ 植物發育與抗逆;
▶ 感染與免疫研究;
▶ 衰老再生及退行性疾病。
數據分析
標準數據分析內容 |
蛋白質總鑒定數量分析 |
蛋白鑒定與定量結果統計、韋恩圖分析、差異結果數量統計、火山圖、聚類熱圖 |
蛋白質功能分析 |
亞細胞定位、結構域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作網絡分析 |
質量控制分析 |
肽段相對分子質量分布、肽段序列長度分布 |
技術優勢
▶ 4D技術加持,提高定量的準確性、鑒定深度,更加適合微量樣本;
▶ 克服標記定量蛋白質組學技術在樣本數量上的限制,靈活方便;
▶ 基于質譜平臺(Bruker timsTOF pro),檢測速度提升近一倍;
▶ 經驗豐富——超16年蛋白平臺服務經驗,擁有豐富的高水平項目文章;
▶ 數據保證——采用進口金標抗體,數據結果穩定可靠;
▶ 系統解決方案——提供修飾組學至驗證、上下游聯合分析,實現快捷”一站式”服務。
推薦組合產品:蛋白表達水平全面解析:轉錄組+蛋白組+泛素化組。
參考文獻
1.Genome-wide identification of U-box genes and protein ubiquitination under PEG-induced drought stress in potato. 2021. Physiologia Plantarum. (IF 4.50) 【客戶文獻】
Label free泛素化蛋白組學協助研究馬鈴薯抗干旱脅迫分子機制
2.Proteomic Analysis of Ubiquitinated Proteins in Rice (Oryza sativa) After Treatment With Pathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP) Elicitors. 2019. Frontiers in Plant Science. (IF 5.753) 【客戶文獻】
Label free泛素化蛋白組學助力水稻防御機制研究
3.Rewiring of the ubiquitinated proteome determines ageing in C. elegans. 2021. Nature.(IF 49.962)
Label free泛素化蛋白組學發現抗衰老新機制
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中科新生命(APTBIO)自2004年成立以來,已建立科技服務(蛋白/修飾/代謝研究)、生物醫藥表征確證及精準醫療三大服務平臺。APTBIO前身為原中國科學院上海生命科學研究院蛋白質組研究分析中心對外服務部,是最早參與國際HLPP(肝臟)、HPPP(血漿)項目的平臺之一,已獲得CMA計量認證,鄧白氏認證及ISO9001質量認證。作為國內提供質譜系統解決方案的領航者,中科新生命已在高水平SCI雜志上發表論文數百篇;獲得各項發明專利和專業著作權數十項;并建立具有自主知識產權的實驗室信息管理系統(LIMS),強化了實驗室質量監測和質量管理,保證客戶數據的高效安全性。APTBIO秉承“為人類健康事業做出貢獻”的信念,整合蛋白質組、代謝組、臨床診療及醫藥研發數據,為實現基礎研究到臨床的完美轉化提供精準平臺。