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知識分享:動物細胞基因組DNA提取

瀏覽次數:3023 發布日期:2018-7-2  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

實驗原理

真核生物的DNA是以染色體的形式存在于細胞核內,制備DNA將DNA與蛋白質、脂類和糖類等分離,同時保持DNA分子的完整。提取DNA的過程是指將分散好的組織細胞在含SDS(十二烷基硫酸鈉)和蛋白酶K的溶液中消化分解蛋白質,再用酚和氯仿/異戊醇抽提分離蛋白質,得到的DNA溶液經乙醇沉淀使DNA從溶液中析出。蛋白酶K的重要特性是能在SDS和EDTA(乙二胺四乙酸二鈉)存在下保持很高的活性。

在提取DNA的反應體系中,SDS用于細胞膜、核膜,并使組織蛋白與DNA分離,EDTA則抑制細胞中Dnase活性;而蛋白酶K可將蛋白質降解成小肽或氨基酸,使起與DNA分子分離開來。

實驗材料

(1)細胞裂解緩沖液:  

Tris (pH8.0) 100 mmol/L ;EDTA (pH 8.0) 500 mmol/L; NaCL 20 mmol/L; SDS 10% ;胰RNA酶 20ug/ml。

(2)蛋白酶K: 稱取20mg蛋白酶k溶于1ml滅菌的雙蒸水中,用一次性過濾器過濾除菌,-20℃備用。

(3)TE緩沖液(pH 8.0),高壓滅菌后室溫貯存。

(4)酚:氯仿:異戊醇=25:24:1(體積比)。

(5)NaAc 3 mol/L。

(6)異丙醇、冷無水乙醇、70%乙醇、滅菌水。

 

實驗過程

1、取新鮮或冰凍動物組織塊0.1g(0.5cm3),盡量剪碎。放入勻漿器中,加入2ml細胞裂解緩沖液,然后充分研磨,至不見明顯組織塊,然后轉入1.5ml 離心管中,以12000 rpm離心5min。

2、棄掉上清,加入0.4ml細胞裂解緩沖液,迅速吹散沉淀。加入20ul蛋白酶K(0.2mg/ml),混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min,或轉入37℃水浴12~24h,間歇振蕩離心管數次。于臺式離心機以12000 rpm離心5min,取上清液入另一離心管中。

3、加入等體積酚:氯仿:異戊醇抽提一次,溫柔混勻。4℃條件下,10000rpm,離心10min。

4、輕輕吸取上層液面,注意不要吸到兩層之間的白色沉淀。如上層液面中白色沉淀較多或渾濁可以再次加入等體積酚:氯仿:異戊醇抽提一次。

5、向吸取的上清液中加入1/10體積的NaAc,輕柔混勻,然后加入2.5倍體積的-20℃預冷的無水乙醇,輕柔混勻后,-20℃冰箱中沉淀過夜。

6、12 000rpm 離心 20min,棄上清;加入-20℃預冷的75%乙醇,12000rpm 離心 15min 室握溫干燥,加入適量無菌水溶解基因組DNA,存放于 4℃,如溶解不充分可輕搖溶解過夜。

注意事項

1、選取的組織須是新鮮材料,且處理時間不宜過長。

2、操作過程盡可能在低溫條件進行,避免基因組DNA降解或斷裂。

3、使用酚:氯仿:異戊醇,乙醇抽提或沉淀DNA時須輕柔操作,避免DNA降解或斷裂。

4、實驗中會使用到有機試劑,須注意防護,并在通風條件下進行操作。

常見問題及分析

出現問題

原因

解決方法

獲得的DNA量少

材料不新鮮

選擇新鮮材料,并縮短處理時間

所用組織未充分研磨

低溫條件下充分研磨組織,無明顯組織塊

抽提或沉淀操作失誤

所用試劑須提前預冷,離心操作最好是能在低溫下進行。

未充分溶解所得DNA

增加溶解用無菌水,并輕搖溶解

DNA不易溶解或溶解后渾濁

雜質較多

增加酚氯仿抽提次數,抽提后減少吸取液體量,避免吸入雜質。

沉淀太干

操作時注意避免過度晾干,,加入無菌水溶解后,輕搖溶解。

電泳時條帶不帶一或有背景

RNA污染

加入RNAase,排除RNA污染。

DNA降解或斷裂

實驗操作過程中注意輕柔操作,盡可能在低溫條件下進行。

 

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