實(shí)驗(yàn)樣本及設(shè)計(jì)
（1）研究隊(duì)列：來(lái)自甲冠東方-甲狀腺腫瘤專(zhuān)科聯(lián)盟（OTTA）中五家中國(guó)三級(jí)醫(yī)院的102名MTC患者；
（2）樣本類(lèi)型：MTC腫瘤組織、正常對(duì)照組織、外周血；
（3）組學(xué)方法：外顯子測(cè)序（102 pairs）、蛋白組學(xué)（102 tumors）和磷酸化蛋白組學(xué)（74 tumors）、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（101 tumors）和DNA甲基化芯片（78個(gè)tumors）。
 

文章結(jié)果
01 中國(guó)人群MTC腫瘤驅(qū)動(dòng)基因分析
考慮MTC的遺傳性比例較高，研究團(tuán)隊(duì)首先分析102例MTC人群的正常標(biāo)本的基因組圖譜以識(shí)別遺傳性MTC。根據(jù)家族史、臨床表現(xiàn)和RET的突變情況，25例患者（24.5%）被分為MEN2A（23例，包括FMTC）和MEN2B（2例）。另一方面，其它77例被歸為散發(fā)性病例，RET和RAS兩種突變之間存在顯著的互斥性，證明了它們作為散發(fā)性MTC最主要驅(qū)動(dòng)因素的作用。結(jié)合遺傳性和散發(fā)性的形式，RET突變?cè)谡麄�(gè)隊(duì)列中占75.5%。在各種突變體中，RET^M918T突變預(yù)示著腫瘤侵襲性的提高，包括更多的轉(zhuǎn)移淋巴結(jié)、更高的TNM分期和較差的無(wú)解剖復(fù)發(fā)生存率（SRFS）。在該研究中，還發(fā)現(xiàn)兩個(gè)非熱點(diǎn)BRAF突變（p.G469A和p.T599dup，VAF > 40%）。蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)顯示，T599dup突變體強(qiáng)烈激活下游信號(hào)，G469A突變則導(dǎo)致中度的激酶活性。因此，BRAF可能是MTC中一個(gè)潛在的驅(qū)動(dòng)因素。另外，在一個(gè)獨(dú)特的MTC病例中檢測(cè)到抑癌基因NF1存在一個(gè)新發(fā)移碼突變 c.3338delT（VAF 高達(dá)76.1%），提示NF1具有驅(qū)動(dòng)能力。同時(shí)，這一移碼缺失也是一種截短突變，導(dǎo)致終止密碼子提前。轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)顯示NF1基因的mRNA豐度很低且無(wú)法檢測(cè)到其蛋白豐度，進(jìn)一步支持其致病作用。綜上所述，通過(guò)多組學(xué)數(shù)據(jù)整合確定了NF1的截短突變是MTC的潛在驅(qū)動(dòng)因素。
 

02 基于蛋白組的MTC分子分型及各亞型的多組學(xué)特征與臨床預(yù)后特征
為了深入了解MTC腫瘤的分子共性和異質(zhì)性，基于蛋白組數(shù)據(jù)進(jìn)行了無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)分析，確定了三種具有不同分子特征的亞型：Cluster-I富集多種細(xì)胞代謝的途徑，被命名為代謝亞型（Metabolic subtype）；Cluster-II顯示基底因子蛋白表達(dá)升高，且具有更高的翻譯活性，被命名基底亞型（Basal subtype）；Cluster-Ⅲ的特點(diǎn)是細(xì)胞外基質(zhì)相關(guān)蛋白和通路顯著上調(diào)，被命名間質(zhì)亞型（Mesenchymal subtype）。

 

 

 

05 間質(zhì)亞型的蛋白基因組特征 
根據(jù)蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)顯示，超過(guò)25%的基質(zhì)蛋白在間質(zhì)亞型中顯著上調(diào)，并且大部分是可分泌蛋白，具有作為唾液或血液生物標(biāo)志物的潛力。其中有兩個(gè)腱蛋白家族成員TNC和TNXB在間質(zhì)亞型中顯著富集。通過(guò)組織芯片對(duì)TNC進(jìn)行了IHC染色，結(jié)果顯示TNC在間質(zhì)、基底和代謝三個(gè)亞型中的陽(yáng)性率分別為66.7%、14.3%和27.3%，這一結(jié)果與組學(xué)數(shù)據(jù)的結(jié)果類(lèi)似。而臨床數(shù)據(jù)分析顯示，較高水平的TNC/TNXB表達(dá)與晚期TNM分期相關(guān)，且具有較差的SRFS。因此，TNC/TNXB具有成為MTC腫瘤候選生物標(biāo)志物和預(yù)后指標(biāo)的潛力，不過(guò)還需要更大的獨(dú)立隊(duì)列來(lái)進(jìn)一步驗(yàn)證。