文章結果
01 SLN 的蛋白質組學特征
在24個前哨節點樣本中（正常和I-III級），鑒定到1291種蛋白質的表達水平存在顯著差異，其中包含62種特異性表達蛋白質：正常組3種，I級21種，II級5種，III級33種。研究進一步通過多樣本比較分析，發現共有336種蛋白質在四組樣本中表達存在顯著差異，并通過基因集富集分析（GSEA）四個聚類類別的蛋白細胞生物學功能。
 

02 EC的蛋白組學特征
研究在12個內膜樣本中（正常和 I-III 級），共鑒定到1280種蛋白質在表達水平上顯示顯著差異。其中11種蛋白質在健康內膜組織中具有特異性，I 級中有24種，II級中有14種，III 級中有19種。主成分分析（PCAs）和熱圖聚類分析揭示了健康內膜和 EC 之間的差異性。GSEA 分析發現，EC 中上調的蛋白質參與翻譯、轉錄和核苷酸代謝。

分層聚類和熱圖表示在三個 EC 等級之間建立了良好的區分。I 級腫瘤中過表達的蛋白質，有30種參與免疫應答，例如γ干擾素誘導蛋白16（IFI16），溶菌酶C，髓過氧化物酶和乳轉移鐵蛋白。對于 II 級，有42個與細胞骨架蛋白結合，核糖體和肌動蛋白結合有關的蛋白質。鑒定出一個涉及 TPM4、TPM2、TPM1、MYH10 和 MYH11 的網絡，類似于最近在膠質瘤中發現的網絡。對于 III 級，一些蛋白質參與細胞粘附和細胞外基質，包括 ApoE 和 HSPG2。同時，分別在 I 級和 II 級腫瘤中鑒定出 PTX3 和 ASS1 過表達。根據 TCGA 數據和基于抗體的蛋白質數據，這兩種蛋白質被認為是前20大最不利的預后因素之一。
 

03 SLN 和 EC 之間的蛋白組學比較
為進行 SLN 和 EC 之間的比較，將兩種樣本類型的蛋白組數據放在一起進行了分層聚類和熱圖展示，結果顯示 SLN-I 和 EC-I 樣本進行了組合，EC-II 和EC-III 也與 SLN-II 和 SLN-III 重組和分離。Cluster 1 對應 SLN-I 和 EC-I 中過表達的蛋白質，Cluster 2 代表 SLN-III 和 EC-III 過表達的蛋白質。Cluster 1 中包含22中蛋白參與免疫應答，其中包含10種抗菌肽、MNDA、SerpinB1、ITGB2、ITGA6 和 ANXA1 等都是對預后有利的蛋白。Cluster 2 中多包含不利于預后的標志物，如 ALDH2、PRSS3、YBX1、SLC1A5、ALDOA、ATP1A1 和 UBA2 等。
 

進一步，使用相關矩陣展現了在 SLN 和 EC 不同等級中特定表達的蛋白質。并且與 TCGA 中發現的選定標志物進行了對比分析。
 

04 SLN 和 EC 中標志物蛋白的靶向驗證
該研究通過蛋白組學分析建立了 SLN 和 EC 組織之間常見的分級依賴性標志物（RSS3、PTX3 、ASS1、ALDH2 和 ANXA1）。為確認蛋白組學結果研究團隊進一步進行了免疫熒光進行檢測驗證。結果顯示，在 EC 樣本中，PRSS 更多的表達在 III 級，ASS1 在 II 級，PTX3 和 ANXA1 在 I 級，ALDH2 則在 II 級和 III 級中均有表達；在 SLN 樣本中，ASS1、PTX3 和 PRSS3 在 I 級中具有高度表達，而在 II 級和 III 級中表達量較低。PRSS3 在 II 級中可檢出性較低，而在 III 級中檢出率較高。對于 PTX3，在 II 級和 III 級中的檢測水平低于 I 級和健康對照樣本。同時，還檢測了一些 TCGA 中分析出的蛋白標志物 CD74、GOLM1、SLC9A3R2 和 SP100。

另外，該研究利用人類數據庫與 XMan v.2 數據庫結合使用鑒定出66種腫瘤突變肽。同時鑒定出36種可能來自非編碼 RNA（ncRNA）翻譯的蛋白質。