機體對內毒素作出應答時，一方面觸發炎癥反應，另一方面產生或激活能夠清除、滅活內毒素的物質，其中包括抗О特異性多糖抗體和抗核心多糖抗體。兩種抗體與內毒素結合后，再與細胞膜上的Fc受體結合，介導內毒素內源化，從而使內毒素在胞內滅活。抗內毒素抗體也能干擾內毒素與LBP結合，從面阻止LBP將內毒素轉運合CD14。

令入遺憾的是，抗某一菌株內毒素的抗體，對同一種屬其他菌株的內毒素無中和作用；內毒素血癥，革蘭陰性桿菌菌血癥動物模型顯示，抗內毒素抗體具有保護性作用，但兩種抗體在入體內卻未顯示出明顯的保護怍用。
 

總之，機體防御系統能有效防止外源性內毒素入侵及內源性內毒素移位，即使在因革蘭陰性桿菌輕微感染而釋放少量內毒素或少量腸源性內毒素發生移位時，機體防御系統也能有效清除、滅活內毒素。但是，當出現大量外源性內毒素釋放或大量腸源性內毒素移位時，機體防御系統不但不能有效地清除、滅活內毒素，反而在內毒素的作用下，其自身的防御功能受到了明顯抑制，與此同時，天然免疫細胞由防御性細胞轉化為效應性細胞，合成、釋放大量的炎性介質，從而導致膿毒癥發生，嚴重者可以并發膿毒性休克甚至導致病人死亡。

由此可見，機體防御系統對內毒素代謝的影響是有限的，若想有效地抑制內毒素的生物學活性，必須尋找有效的內毒素拮抗措施，但令人遺憾的是，目前我們對內毒素在肝臟內代謝的具體過程等重要內容還知之甚少，嚴重阻礙了內毒素拮抗措施的研究。

雖然迄今為止尚無特效的內毒素拮抗劑應用于臨床，但我們深信，隨著對機體防御系統與內毒素代謝等相關內容研究的不斷深入，人類一定會找到有效的內毒素拮抗措施。