人CD14基因位于第5號染色體的長臂上（5q23～q31），約含有1338個核苷酸殘基。從核苷酸的第76位到1200位，編碼一段有375個氨基酸殘基的多肽鏈，該多肽鏈的前19位信號肽被水解后，即形成成熟的CD14分子，含356個氨基酸。與CD14基因相鄰的區域含有幾種髓樣特異性生長因子和受體基因，包括細胞因子中的IL-3、1L-4、IL-5、IL-1、巨噬細胞集落刺激因子（M-CSF）、粒細胞-巨噬細胞集落刺激因子（GM-CSF）、酸性成纖維細胞生長因子（aFGF）、內皮細胞生長因子（ECGF），受體基因有M-CSF受體、血小板源性生長因子受體（PDGFR）、β2-腎上腺素能受體（β2 AR）以及分化抗原CD49a和CD49b。

鼠CD14基因位于第18號染色體上，后者也至少編碼五種以上生長因子和受體基因。因此，根據CD14基因的定位，人們曾推測CD14可能是某種受體分子。鼠CD14基因編碼區與人CD14具有74%的同源性。鼠CD14由351個氨基酸殘基組成，與人CD14 氨基酸序列具有66%的同源性。Ikeda等用小鼠CD14基因的PCR擴增片段作探針從牛染色體基因文庫中獲得了牛CD14基因，序列分析發現在其起始密碼子ATG之后有一個由90 bp構成的內含子，比人和鼠CD14中的內含子多了兩個核苷酸（88bp）。

牛CD14全長編碼基因為1122 bp，共編碼373個氨基酸，其中含有信號肽序列，但缺少穿膜結構域，在其序列中有3個潛在的N-連接糖基化位點。牛CD14的核苷酸序列與人及小鼠CD14 的同源性分別為78%和69%，所推導的氨基酸序列與人CD14 的同源性為73.5%，與鼠CD14的同源性僅為61.4%，三者之間氨基酸序列的同源性為55%。此外，其他動物CD14 基因也與人CD14基因序列有較高的同源性。

同天然免疫系統的其他模式識別蛋白一樣，CD14為亮氨酸家族成員，其胞外區含有多個富亮氨酸重復序列（leucine-rich re-peats）（LXXLXLX）。經序列分析比較發現，這一特征性序列竟是來源于在進化關系上較遠的生物種類，如酵母、果蠅，提示亮氨酸重復結構可能具有重要的生物學意義。現認為這一結構域通過形成雙歧β折疊與脂質作用，是CD14識別并結合LPS的關鍵區域。

在人和小鼠CD14 分子含有10個富亮氨酸重復序列，比牛CD14分子多4個。CD14分子還含有多個半胱氨酸殘基，可以形成二硫鍵，這對于穩定其空間構象及維持其生物活性具有重要意義。缺失突變研究表明，CD14N末端152個氨基酸序列具有完整的結合LPS 和介導細胞激活的作用，說明CD14結合LPS和激活細胞的功能區域位于前152個氨基酸以內，其中氨基酸57～64和39～44片斷為LPS的結合域，因為將這些區域刪除可導致與LPS結合能力完全喪失。氨基酸7～10，9～13和91～101可能為CD14的激活域，因為刪除這些區域后CD14雖能結合LPS，但缺乏激活作用。此外，CD14分子含有多個N-連接糖基化位點，屬糖蛋白。

根據CD14在體內的存在形式，分為存在于細胞表面的膜結合型CD14（membrane-bound CD14，mCD14）和血漿內的sCD14。mCD14是一種分子量為5.3萬～5.5萬的糖蛋白，主要通過糖基磷脂酰肌醇（glycosylphosphatidylinositol，GPI）錨著在細胞膜上，少數mCD14也可通過跨膜肽與細胞膜結合，其附膜形式不影響其功能活性。mCD14在細胞內合成后，先在高爾基復合體內糖化，其羧基端再與GPI結合，通過GPI的磷脂部分附著在細胞膜上。