精準(zhǔn)醫(yī)療軟著陸系列（1）大樣本量SNP鑒定神器

精準(zhǔn)醫(yī)療大風(fēng)起兮錢飛揚(yáng)，群雄逐鹿兮項(xiàng)目忙，如何落地兮心里慌。高大上的精準(zhǔn)醫(yī)療口號震天響，落到自己的臨床樣本上，如何腳踏實(shí)地的開展項(xiàng)目？怎樣把有限的經(jīng)費(fèi)用在性價(jià)比最高的研究技術(shù)上？這是每個(gè)實(shí)驗(yàn)狗永遠(yuǎn)的夢想。

基因分型是精準(zhǔn)醫(yī)療的熱門領(lǐng)域，也是歷年來燒錢的重災(zāi)區(qū)，那么問題來了，如何讓精準(zhǔn)醫(yī)療在基因檢測領(lǐng)域?qū)崿F(xiàn)軟著陸呢？設(shè)想一下，隔壁老王要搞個(gè)大項(xiàng)目，在500個(gè)臨床腫瘤樣本中檢測200個(gè)重要SNP位點(diǎn)，需要花多少錢？用常規(guī)方法至少需要500萬級別的預(yù)算吧？且慢！別再糟蹋錢了，現(xiàn)在有神器相助，請把預(yù)算減去一個(gè)零！

神器在哪里？——MassARRAY！

MassARRAY何許人也？它是目前最先進(jìn)的基因變異分析技術(shù)之一，是目前唯一采用質(zhì)譜法直接檢測SNP的設(shè)備。MassARRAY結(jié)合了簡單、可靠的引物延伸反應(yīng)和先進(jìn)的MALDI-TOF質(zhì)譜技術(shù)，可以快速經(jīng)濟(jì)的進(jìn)行基因型分析，達(dá)到目前市場上最高的準(zhǔn)確率和性價(jià)比。

聊到MassARRAY，插播一條新聞，6月27日，吉?jiǎng)P基因的醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所正式掛牌啟航，我們特別邀請到了吉?jiǎng)P的老朋友，美國科學(xué)院院士Charles Cantor先生主持儀式。

談到Charles Cantor博士，來頭可不小，他是美國科學(xué)院資深院士，現(xiàn)任美國著名生物高科技企業(yè)西格諾公司(Sequenom Inc.)的首席科學(xué)家，兼任波士頓大學(xué)生物高科技中心主任和生物醫(yī)學(xué)工程教授。他曾任教于哥倫比亞大學(xué)人類遺傳學(xué)主任及加州大學(xué)貝克里分校教授，曾是美國能原部下屬的人類基因組中心(Human Genome Project)首屆主任。他一共發(fā)表了450余篇國際學(xué)術(shù)論文，編寫了三卷本的經(jīng)典教科書《生物物理化學(xué)》和基因組學(xué)的第一本教科書《人類基因組計(jì)劃的科學(xué)與技術(shù)》。

Sequenom這家公司眼熟吧？它就是MassARRAY的開發(fā)商，Charles Cantor正是MassARRAY技術(shù)的發(fā)明人之一。這項(xiàng)顛覆性技術(shù)突破了以往SNP分型技術(shù)的通量瓶頸和成本瓶頸，讓多個(gè)SNP位點(diǎn)的大樣本量鑒定成本拉低數(shù)十倍！從此，海量臨床樣本的基因分型不再是噩夢，精準(zhǔn)醫(yī)療多了一件神器！

MassARRAY檢測系統(tǒng)的基本原理為基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜 (MALDI-TOF MS) 技術(shù)。主要特點(diǎn)是，PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物，加入SNP序列特異延伸引物，在 SNP 位點(diǎn)上，延伸 1個(gè)堿基。然后將制備的樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶，將該晶體放入質(zhì)譜儀的真空管，而后用瞬時(shí)納秒 (10-9s) 強(qiáng)激光激發(fā)，核酸分子就會解吸附并轉(zhuǎn)變?yōu)閱坞姾呻x子，這些單電荷離子按照其質(zhì)荷比率在加速電場真空小管中飛行到達(dá)檢測器。離子質(zhì)量越小，就越快到達(dá)。MASSARRAY SNP 檢測的質(zhì)譜范圍為4000到9000 Dalton。

這一期我們介紹了大樣本量基因分型的神兵利器MassARRAY，下一期的“精準(zhǔn)醫(yī)療軟著陸系列專題”我們聊一聊專注于腫瘤樣本基因分型的霸王槍——Cancer Panel！