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引物純化的方法有哪些

瀏覽次數:2753 發布日期:2017-6-3  來源:原創

   如今,引物純化方式多種多樣。各位科研君,每天忙碌奔波于核酸提取、載體構建、蛋白表達等環節,沒有深入了解過各種引物純化方式吧!今天,小編帶各位對各種引物純化方式作下對比。各位科研君在以后的研究中,記得對號入座哦!

一般純化方式

   目前,采用的主打的引物純化方式是脫鹽純化。其只能純化掉引物中的鹽分,并不能去除含的小片段,價格較為便宜,能滿足一般常規的應用。


1. C18柱:

   又稱為簡易反相柱,對DNA有特異性吸附,可被有機溶液洗脫,但不會被水洗脫。因此能有效地去除鹽分,但不能有效去除比目的片段短的小片段。該方法一般不會對普通PCR反應產生影響。對于需要用于測序、克隆的引物不能使用這個級別。

2. OPC純化:

   采用寡核苷酸純化柱 (Oligonucleotide Purification Cartridge,OPC)純化,制品純度保證80 ~ 90%。此級別制品可用作PCR引物、DNA測序引物、各種探針等。該級別只提供長度在35 mer以下的合成DNA制品。序列更長時,制品的純度得不到保證。


3. HAP純化方法

   HAP(High Affinity Purification)其原理是利用合成引物5'-端DMT基團對HAP樹脂專一性吸附,而不含DMT的短鏈DNA不被吸附,從而達到分離純化的目的。制品純度可達到80~90%,可以滿足雜交探針、測序、常規PCR(不再做進一步克隆實驗)等用途了。但是因為其專一性吸附 DMT 能力有限,不免仍然有短片段帶入的可能,而且負載量小。特別是對長于39 堿基以上的片段純化效果不好。此級別只提供長度在10-39mer以下的合成oligo DNA制品。序列更長時,制品的純度得不到保證。


4. RPC純化

   RPC純化是通過反相凈化濾芯 (Reverse Phase Cartridge) 對引物進行純化,純化原理與反相HPLC純化一樣。與反相HPLC比較,RPC是一種有效且更加經濟的純化方式。反相凈化濾芯通常包含一種疏水基質如 C18的硅膠,能夠很好的吸附DNA,并且可以用水輕松地將切割下來的保護基團和短的引物片段從反相柱上洗掉。RPC純化的引物可以應用于DNA測序、 PCR及基因合成等。


5. TON純化

   基于特異和反相層析法,從合成好的產物中去除失敗序列,提供最終的目標序列。適于35個堿基以下的引物。毛細管電泳(Capillary Electrophoresis)純度大于75%。


PAGE純化方式

PAGE純化價格適中,純度較高,能滿足大多數應用,尤其是長度大于50個堿基的長鏈引物。


1. 經典PAGE純化:

   PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis),該方法是使用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,對DNA片段進行分離,然后從凝膠中回收目的DNA的方法。PAGE純化基于尺寸和構象分離全長產物和失敗序列,可以分離相差一個堿基的引物(120堿基以內),從而提供高純度的引物。純化后的DNA純度大于90%,相比與其他純化方法,PAGE純化對長鏈Oligo DNA (大于50 mer)的純化特別有效,制品純度保證90 ~ 95%。如訂購的DNA欲用作RT-PCR引物、各種探針,或用于PCR克隆測序、定點突變等,請選用PAGE純化制品。

2. ULTRA PAGE純化:

   理論上分析型PAGE變性電泳,可以區分引物之間一個堿基的差別。經過PAGE純化的引物,特別是長引物要的量都比較高,上樣量都是非常大,電泳時的條帶往往比較寬,帶與帶之間有重疊,分辨率有所下降,電泳后割帶回收目的引物時,導致割的條帶有時可能比較寬,很難避免割到差別僅一個或幾個堿基的引物。因此,將原有的PAGE純化方式升級優化為現在的ULTRA PAGE純化方式,即在PAGE純化的同時配合質譜對DNA進行定性分析,以保證回收片段的正確性。


HPLC純化方式

   價格最高,純度也最好,適用于小于40個堿基的未修飾寡核苷酸,用于定點突變、克隆、蛋白結合凝膠遷移電泳分析、治療用途。
   HPLC純化是使用高效液相色譜的原理,對DNA片段進行純化。純度可以大于99%。主要用于短鏈和修飾引物的純化。該法的弱點是成本較高,批量生產效率不高。



 

發布者:武漢金開瑞生物工程有限公司
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