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STR鑒定報告看不懂,希爾博士來解憂

瀏覽次數(shù):6490 發(fā)布日期:2019-12-5  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負
STR是什么意思?
STR(Short Tandem Repeats,短串聯(lián)重復(fù)序列)分析已被國際細胞系鑒定協(xié)會(ICLAC:International Cell Line Authentication Committee )、ATCC、NIST(美國國家標準局)等權(quán)威機構(gòu)作為金標準應(yīng)用于細胞鑒定。由于目前使用錯誤細胞情況非常嚴重,越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR鑒定報告。

今天就來分享STR的鑒定報告如何解讀?
1.STR檢測流程
首先了解下STR檢測流程,先提取細胞DNA, 然后進行PCR擴增及測序,最后進行結(jié)果分析。詳細檢測流程請看下圖:

 ▲圖1 STR檢測流程
* Dr.Cell 采用的細胞STR鑒定方法完全符合美國國家標準局(NIST)頒布的細胞鑒定標準-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中國CMA認證與司法鑒定許可的實驗室進行檢測。
2.STR位點基因分型結(jié)果
完整的細胞STR檢測報告請查閱(STR Report-Sample),報告上會列出受檢細胞系STR基因分型結(jié)果附表(圖2),表格中將列出所有實際檢測位點信息。第2列“Sample”為樣本檢測得到的STR位點信息, 該結(jié)果是根據(jù)實際PCR擴增后檢測到的片段長度得到的數(shù)據(jù)信息。第3列為ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中標準細胞STR位點信息。數(shù)據(jù)庫中常規(guī)提供9個位點信息,即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。

▲圖2 STR基因分型結(jié)果
STR位點基因分型結(jié)果峰圖:
在報告中會給出受檢細胞系的STR檢測結(jié)果峰圖(圖3),該峰圖是實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息。位點信息與表1(圖2)相同。
▲圖3 STR基因分型結(jié)果峰圖
*STR: 短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STR)也稱微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA), 通常是基因組中由1~6個堿基單元組成的一段DNA重復(fù)序列,由于核心單位重復(fù)數(shù)目在個體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富,構(gòu)成了STR基因座的遺傳多態(tài)性。

▲圖4 STR 短串聯(lián)重復(fù)序列

* 純合子:Homozygote,指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因相同。即顯示單個峰。

* 雜合子:Heterozygote,指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因不相同。即顯示2個峰。


▲圖5 STR位點峰圖

人源正常組織細胞其STR圖譜,一個基因位點僅出現(xiàn)一個或2個峰(更多信息請查閱短串聯(lián)重復(fù)序列 (STR, short tandem repeats) )。如發(fā)生細胞交叉污染現(xiàn)象,基因位點會出現(xiàn)多等位基因,即一個基因位點出現(xiàn)3或4個峰(圖6)。當然,也不能排除可能為三倍體等多倍體突變現(xiàn)象。

▲圖6 多等位基因峰圖
3.STR位點基因分型結(jié)果比對
根據(jù)鑒定得到的細胞STR位點信息在ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中進行比對,進入ATCC STR數(shù)據(jù)庫頁面https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx )輸入檢測細胞的9個STR位點信息,與ATCC數(shù)據(jù)庫進行對比。
▲圖7 ATCC 數(shù)據(jù)庫比對

輸入信息后給出比對結(jié)果(圖8)



▲圖8 ATCC數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
同樣在DMSZ數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)比對,得到匹配結(jié)果。

▲圖9 DSMZ數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
比對結(jié)果中"%Match"(ATCC, 圖8)及 "EV" (DSMZ, 圖9)列是受檢細胞的9個STR位點基因分型數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫中細胞的匹配度。

人源細胞STR鑒定結(jié)果判定標準:

受檢細胞STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應(yīng)的標準細胞系(其原始組織或衍生細胞系)STR基因分型數(shù)據(jù)進行比對:

1)若兩者的匹配度≥80%,則判定受檢細胞系為標準細胞系或為標準細胞系的衍生細胞系。

2)若兩者的匹配度在56%-80%之間,建議結(jié)合細胞系形態(tài)、細胞系特異性標記物等輔助分析進行綜合判斷。

3)若兩者的匹配度≤56%,則判定受檢細胞樣本與其對應(yīng)的標準細胞系不相關(guān)。
 


參考文獻:

1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.

2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/

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