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高通量測序服務——轉錄組測序
美吉擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。
服務類別:測序/合成總訪問:2703
最后更新:2015-7-14半年訪問:63
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高通量測序服務——轉錄組測序

詳細描述:
轉錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況是不完全相同的。轉錄組測序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序,全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本。相對于傳統芯片而言,RNA-Seq無需預先設計探針,即可對任意物種的任意細胞類型的轉錄組進行檢測,能夠提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。
 
美吉優勢
1.      擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。
2.      擁有Roche 454和Illumina Solexa兩種高通量測序平臺,合作伙伴可根據具體需求進行選擇,以獲取最佳的實驗結果。
3.      技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
4.      擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
 
生物信息分析
1.      有參考基因組的轉錄組分析(Transcriptome analysis with reference genome)
1)測序原始數據處理(質量剪切、污染序列去除等)
2)Contig和Unigene統計分析
3)Unigene功能注釋(NR、GO 和KEGG等)
4)SNPs及SSR分析等
5)基因表達差異分析(不少于兩個樣品)
2.      無參考基因組轉錄組分析 (De novo Transcriptome Analysis)
1)測序原始數據處理(質量剪切、污染序列去除等)
2)短序列mapping至參考基因組序列
3)基因功能注釋
4)基因結構分析
5)可變剪切分析
6)基因表達差異分析(不少于兩個樣品)
7)預測新的基因
 
成功案例
美吉生物已成功完成包括線蟲、牡蠣、對蝦、蜜蜂、鯽魚、鯉魚、雞、豬、油菜花、菊花、桃樹等多個物種的轉錄組測序及分析。
 
最新發表文章
Nie QH, Fang MX, Jia XZ, et al. Analysis of muscle and ovary transcriptome of Sus scrofa: assembly, annotation and marker discovery. DNA Res, 2011, published on line.
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