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有參考基因組轉(zhuǎn)錄組分析對硬件的需求主要在比對這一環(huán)節(jié)。內(nèi)存的容量是比對速度的關(guān)鍵因素。
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目前常見模式生物的基因組序列大都被測序出來，針對這些物種的轉(zhuǎn)錄組分析設計的方案稱之為有參考基因組解決方案。
硬件需求
有參考基因組轉(zhuǎn)錄組分析對硬件的需求主要在比對這一環(huán)節(jié)。內(nèi)存的容量是比對速度的關(guān)鍵因素。
推薦產(chǎn)品
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SeqKit
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SeqStation
解決方案概要
測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
與參考序列比對
比對數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預測
差異表達分析
解決方案模塊選擇
與參考序列比對
比對數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預測
差異表達分析
解決方案模塊選擇
| 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制 | FastQC 、PringSeq |
| 測序數(shù)據(jù)預處理 | FASTX-Toolkit 、Cutadapt |
| 與參考序列比對 | BWA、Bowtie Tophat |
| 比對數(shù)據(jù)質(zhì)量控制 | RSeQC、Qualimap、RNA-SeQC |
| 可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預測 | Cufflinks、Scripture |
| 差異表達分析 | Cuffdiff、DESeq、DEXseq、DEGseq、EdgeR |
| SNP calling | Samtools、SOAPsnp |
| 差異基因GO 富集和Pathway 富集分析 | GOSeq、DAVID、KEGG |
| 差異基因互做網(wǎng)絡 | Cytoscape |
手機版：mRNA有參考基因組解決方案
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