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該方案分析的硬件資源消耗主要在轉(zhuǎn)錄組拼接環(huán)節(jié)。高容量的內(nèi)存是任務運行的關鍵因素
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現(xiàn)在仍然存在基因組序列沒有被測序出來的物種，在實驗室人員要特定研究這些物種轉(zhuǎn)錄組時，針對這些物種的轉(zhuǎn)錄組分析設計的方案稱之為無參考基因組解決方案。
硬件需求
由于缺少已知的參考基因組，因此該方案分析的硬件資源消耗主要在轉(zhuǎn)錄組拼接環(huán)節(jié)。高容量的內(nèi)存是任務運行的關鍵因素。些物種轉(zhuǎn)錄組時，針對這些物種的轉(zhuǎn)錄組分析設計的方案稱之為無參考基因組解決方案。
推薦產(chǎn)品
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SeqKit
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SeqStation
解決方案概要
測序數(shù)據(jù)拼接
基因功能注釋
解決方案模塊選擇
基因功能注釋
解決方案模塊選擇
| 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制 | FastQC 、PringSeq |
| 測序數(shù)據(jù)拼接 | Trinity、SOAPdenovo-Trans、Trans-Abyss |
| 基因功能注釋 | Blast、Hmmer |
| 可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預測 | Cufflinks、Scripture |
| 差異表達分析 | DESeq、DEGseq、EdgeR |
| SNP calling | SOAPsnp |
| 差異基因GO 富集和Pathway 富集分析 | GOSeq、DAVID、KASS/KEGG |
| SSR 分析 | MISA、Primer3 |
手機版：mRNA無參考基因組解決方案
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